小柴胡湯以柴胡為名，很顯然，柴胡為君，原方中柴胡用量最重，為半斤。
清代醫家柯韻伯在《傷寒來蘇集》中指出：「先輩論此湯，轉旋在柴、芩二味，以柴胡清表熱，黃芩清裡熱也。盧氏以柴胡、半夏得二至之氣而生，為半表半里之主治，俱似有理。然本方七味中，半夏、黃芩俱在可去之例，惟不去柴胡、甘草，當知寒熱往來，全賴柴胡解外，甘草和中，故大柴胡去甘草，便另名湯，不入加減法。」
本段論述，似有所偏，沒有黃芩相配，柴胡便不足以治少陽病，口苦、咽干也就無由而解。但本段論述強調小柴胡湯中柴胡的重要性是可取的。尤其是治療寒熱往來，或者治療發熱，需倚重柴胡。筆者治療少陽病之寒熱往來，每取柴、芩相配。而治療少陽病發熱，每獨取柴胡而不用黃芩。
《神農本草經》中柴胡位居上品：「氣味苦、平，無毒。主心腹腸胃中結氣、飲食積聚，寒熱邪氣，推陳致新。久服輕身，明目，益精。」
古人在長期的臨床實踐中，發現柴胡可以除在表之寒熱邪氣，可以去除在裡之心腹腸胃中結氣、飲食積聚。可以使週身表裡上下氣機暢通，暗含推陳致新之功。後世醫家在此基礎上對柴胡的性味功用作了進一步的界定和發展。如王好古在《湯液本草》中有如下記述：「柴胡氣平，味苦辛。」「少陽經、厥陰經行經之藥」。東垣云：「能引清氣而行陽道，傷寒外諸藥所加，有熱則加之，無熱則不加。又能引胃氣上行升騰，而行春令是也。」「柴胡瀉肝火（黃連佐之），柴胡瀉膽火（亦以黃連佐之）。」「柴胡瀉三焦火（黃芩佐之）。」
也許，後世醫家對柴胡的認識，並不一定符合《傷寒論》中張仲景對小柴胡湯中柴胡的認識。但柴胡的歸經屬髒、升浮降沉，有助於我們臨證中對柴胡的使用和對小柴胡湯的使用。
清代醫家葉天士在《臨證指南醫案》中提到「柴胡劫肝陰」，且其用小柴胡湯治療溫熱病時，每以青蒿代柴胡。吳鞠通在《溫病條辨》中指出：「青蒿較柴胡力軟，且芳香逐穢、開絡之功則較柴胡有獨勝。」
從「傷寒」至「溫病」，方藥的發展是一種必然。葉天士在臨證中發現，對於部分溫熱病邪在少陽，使用柴胡，尤其是較大劑量的柴胡，有增熱傷陰之弊，於是提出了「柴胡劫肝陰」之說。同時，又經臨證體驗，以青蒿代柴胡，既能透邪外出，又無增熱傷陰之弊。
當然，每位中醫的臨床體驗僅僅是個人的臨床體驗。這些臨床體驗，包括隨之而產生的理論闡述，也僅僅是供後學者學習、借鑒。任何一位後學者都不可能被某一位先行者完全限定其前行的腳步。我們既不能因有「柴胡劫肝陰」之說而不敢用柴胡，或只敢用極少量（以分計）；也不能無視「柴胡劫肝陰」之說而肆意濫用柴胡，或大劑浪用。
筆者臨證體會，柴胡確有使舌苔變少之作用。作為風藥，柴胡偏燥，從其藥性來講，確有傷耗陰津之偏。
「方之既成，能使藥各全其性，亦能使藥各失其性。」（《醫學源流論》）柴胡是否劫肝陰，不僅取決於其自身之性味，更取決於其在方劑中的配伍和劑量。
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