因各派的學說與觀點，都有其實踐依據，又每每在爭論中互補，因而爭論的結果，往往不是孰是孰非、誰對誰錯，而是使理論愈辨愈深，愈爭愈明，達到雙贏。這也與西醫學常以後起學說淘汰其前的學說大異。
中醫藥學派流派與其他的科學文化派別比較起來，主要有如下五個特點：一是諸派同源。二是派中有派。三是門戶尊嚴及派別之間有排他性。四是有些派別之興往往有哲學背景。五是派別思潮的改變，主要是治療觀點的改變。
當代中醫藥學人的使命，一是要揭示其理論、技術、特色的深層次的科學價值，二是要適應社會需求以其眾多重大的創新服務於社會，這就要求當代中醫藥學以其創新和突破向現代化的範式轉換。培植中醫藥研究學派，可以發展中醫藥科學研究，推動科學進步和理論演進，以科技進步的積累和飛躍，實現中醫藥現代化的範式轉換。
學派流派是一種重要的科學文化現象。在中醫藥理論體系的形成和發展過程中，學派流派既是初始源流之一，也是構建體系的基幹，並一直對理論的發展起著重要的推進作用。學派流派，使中醫藥理論體系呈現出百川多流、群峰嶺脈的壯麗奇觀。
學派流派是中醫理論體系構架的基幹
學派是同一學科中由於學說、觀點的不同形成的派別。流派和學派相類，學術界一般按年鑒學派布羅代爾的劃分，常把為期短時段的或學派中的分支稱為流派。在中國科學界、文化界，學術主旨明確者多稱學派；有獨特技藝以風格見長者慣稱流派。學派流派的存在，是科學邏輯與歷史的統一，古今中外理無二致。在西方，從畢達哥拉斯學派到智者學派，從布拉格學派到哥本哈根學派，從法蘭克福學派到耶魯學派，都是學術發展的狀態、水平和規模的標誌。在中國古代，學派之分最初是因學術主旨不同而形成的。《莊子·天下》、《荀子·非十二子》、《呂氏春秋·不二》、《淮南子·要略》、《史記·論六家要指》和《漢書·藝文志》等都曾以主旨論及學派，大致認為學派始於春秋，盛於戰國，儒家、道家、墨家、陰陽家、法家、兵家、名家等諸家各有不同的認知方式，不同的經驗系統，不同的學術資源，不同的治學理念，以自家的學術所長，各有用場。
中醫藥的學派，最初也是因於學術主旨不同而劃分的，至唐代以前這種學派在演進中成為學科。宋代以降，在分科之後，又因於學說、觀點的不同而茁成為學派。總的來說，中醫藥形成的時間也和當時的科學文化同步，即中醫藥學派確立始於春秋，定型於戰國，這也是中醫藥理論奠基的標誌。
以學說和觀點形成學派不久，在宋金之際因其傳播和地域文化等因素，便有地域性學派的崛起，如新安醫派、江浙或三吳醫派、嶺南醫派、海派等。同時，在學派中，又因其專長風格的不同，又有諸多的流派，各彰其道。如上所說，學派從發生到發展，先後有因學術主旨不同之學派，這是最原始的學派，它演發為學科。之後在學科中又因學說和學術觀點的不同而有學科領域的學派。之後又發展為地域性的學派，地域性學派又以地域文化、家世承傳、處方用藥習慣、醫藥資源之異而明道識見異，地域性學派又能超越學科界域，是多學科綜合學派，並以地域文化的特徵，承傳於更長的歷史的地域的時間空間。
中醫藥學派流派的演化也能展示其學術的運動現象。學派流派演化的總趨向是生→盛→異→化。學術主旨的學派演化為經典理論和學科，例如醫經學派、本草學派乃至傷寒學派。某一學派稱盛於一時後，在發展中引申發揚分異為支流和流派，顯例如傷寒學派、溫病學派都是派中有派。由客觀認識的統一而被公認為中醫的基本理論，也有因弘揚不夠，或學派流派自身生命力不強而未能傳承或為其他理論所吸收，或因傳承難度大又未得傳人而致失傳，典型例子如華佗的外科手術學派，已經有宗師、弟子、學術著作，以學派之勢稱盛於一時，但以後還是失傳了。
學派流派的縱橫構建了中醫藥理論體系。中醫藥的不同學術主旨，是學科的濫觴。唐代孔穎達疏《禮記·曲禮》的「三世醫」，即《黃帝針經》、《神農本草》、《素女脈訣》。這被謝利恆、任應秋等稱為「此蓋中國醫學最古之派別也。」這也揭示中醫藥理論體系形成。此後，學派流派成為中醫藥理論體系的主幹之一，醫學分科、醫事組織、傳承授學乃至著作刊行、學術爭鳴，皆難以超然於學派流派。可見，學派流派與中醫學理論體系的構建乘時與俱興，是其基幹，也是為標誌。
中醫藥學派流派的價值與特點
中醫藥學派與流派，是學術和學科的生長空間，在一定歷史時期，重要學派是一面旗幟，在學術上有著非凡的價值：
一、學術的傳承作用。宗師們的創新、學術思想、技藝特長等，由其弟子們逐代繼承薪傳。除對初祖的開山著作繼承外，弟子們還整理或註釋乃師著作，形成了學派流派的著作體系，使學派之學術接踵前世，遞起演明，長榮不衰。
二、學術的放大作用和加倍效應。學派和流派是一個學術放大體系，以其集團的研究能力持續探索某一醫學現象或治療方法，是個人研究能力的「高倍放大」。不僅如此，又由於世代的傳承，能使學派的一些重要理念和論述得以彰顯。與之比較，不在學派的某種見解或奇險絕招，往往流於單傳，即便載入著作，也往往成為 「奇異點」而被輕視，久之失傳。
三、弘揚學術特長。學派流派能夠立世於醫林，在於有獨到的觀點和特技，如傷科技法、針刺手技、打丹火候等，這類絕技是學派流派的生命線，不只是在門派中傳承，而且在世代傳承中深入研究機理並進行技術改進，在弘揚中創新。
四、引領學術發展取向。學派流派各有其創新進取的動力機制。重大學派的學術思想能夠形成學術潮流，並作為旗幟，建立新的規範，引導範式轉換。醫學史上學術的三次突破轉型，都是緣於學派的作用實現的。第一次是張仲景，他確立辨證論治體系改變了以前醫經與經方分立的局面，並以理、法、方、藥貫通於六經辨證，為後世垂方法、立津梁。第二次是金元四家，特別是其魁首劉完素。他不只是首倡「傷寒是熱病」改變了傳統的熱病惟寒致病的觀念。更重要的是，他深研病機，提出了「理論—病機」的辨證論治模式，突破了《傷寒論》的「證候—方藥」對應模式，由是可以據病機而選用方藥，可以「見痰不治痰，見血不治血」等，只要合宜病機，可以一方多用。第三次是清末民初的海派醫學。海派以地域性綜合學派稱著。以薈萃百家，務求創新，依傍文化，匯通中西，變而適用見長，其成長為領銜的學派，是文化社會需求的選擇。不僅領導時代潮流，而且在興辦學校、創立期刊、著書立說等方面開現代中醫藥醫事教育的先河。還在與取消派別鬥爭，為中醫藥的繼存振興作出了不可磨滅的貢獻。與西醫學相比較，西醫學主要靠新發現新技術引領，中醫學主要靠學派流派的動力機制引領。
五、學派流派是交流爭鳴的平台。各學派流派皆有自己的學說與觀點，在立論推行交流中，每因各派見解迥異而引起學術爭鳴。《四庫全書總目提要》曰：「儒之門戶分於宋，醫之門戶分於金元。觀元好問《傷寒會要·序》知河間之學與易水之學爭；觀戴良作《朱震亨傳》，知丹溪之學與《宣和局方》之學爭也。」爭鳴不斷產生新思想，也是理論建設的重要途徑之一，在很多時候理論發展強化程度，取決於爭鳴論戰尖銳程度。除河間易水之爭、丹溪之學與局方之爭外，醫學史上還有更尖銳的爭論。例如：贊同與反對五運六氣之爭，傷寒與溫病之爭，溫補與滋陰之爭等，當然也有流派間的「正宗」之爭。因各派的學說與觀點，都有其實踐依據，又每每在爭論中互補，因而爭論的結果，往往不是孰是孰非、誰對誰錯，而是使理論愈辨愈深，愈爭愈明，達到雙贏。這也與西醫學常以後起學說淘汰其前的學說大異。
中醫藥學派流派與其他的科學文化派別比較起來，主要有如下五個特點：一是諸派同源。二是派中有派。三是門戶尊嚴及派別之間有排他性。四是有些派別之興往往有哲學背景。五是派別思潮的改變，主要是治療觀點的改變。
從最古的以學術主旨立派的針、藥、脈三大派別以降，到宋以後以學說、觀點立論的學派流派，以及稍後的地域性學派，都是在中華文化的土壤下撫育成長，其初始理論淵源是一致的，可謂諸派同源。在學派流派中，不僅地域性學派派中有派，各大學派未嘗不如此。例如傷寒學派，宋代既有朱肱、龐安時的整理派；韓祗和、許淑微、郭雍等人的發揮派；金代成無己的註釋派；明清有方有執、喻嘉言的錯簡派或三綱派；張遂辰、張志聰等人的舊論派；俞根初的通俗派和陸九芝的傷寒統溫病派等。流派之多，致使有人稱道：「一人一個仲景，一家一本《傷寒》。」在《傷寒論》的學術已被公尊為基本理論的經典時，堅持傷寒學派的學人們仍高揚學派的旗幟。又如溫病學派、除有葉天士、薛生白、吳鞠通、王士雄溫病四大家的溫熱派、濕熱派之外，尚有戴天章、余師愚的溫疫派及楊栗山的傷寒溫疫派。此外，還有逾越於溫病學科的支派，例如清代高錦庭著《瘍醫心得集》，其學術堪為外科溫病學派。中國中醫科學院已故婦科專家錢伯暄教授，屬於婦科溫病學派。
學派流派在傳承中重視門戶尊嚴與排他性。這種學術意識主要是為防止失傳和保證療效。傳承中不可避免有系統誤差，但如果攙入有悖學說和觀點的論述、花梢的技法、變換操作程序、不適宜的替代藥物等，常導致理論的失真，技藝的變形，特別是技術性流派對此尤為重視，便自覺或不自覺地遵循學術的「自純淨法則」，抵制異說和劣技在本學派和流派中發展。排他才彰顯個性，富於競爭，這並非是保守，而是為了學派健康承傳。這一點，在藝術流派中更為突出。這也使「正宗」為人們所重視。
中醫藥很多學派常有哲學背景。《內經》為代表的醫經學派以陰陽五行為總框架自不必說。金元四家的理論和宋代理學有直接關係，持命門學說的溫補學派其理論與太極圖有關。南宋文獻就曾有火神派的記載，其扶陽理論是遵循《易·乾》等重視陽為依據。這些學派援用哲學構建體系，主要是因於其構建方式是經
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