傳染病對人類的危害很大，它在一定的外界環境條件下可以在人群中傳播，造成流行。傳染病流行時，發病迅速，症狀劇烈，波及人數多，影響範圍大，嚴重危害廣大人民的生命健康。我國古代的傳染病不斷流行，使大批人員死亡。特別明清兩代更是大量發生。據有人統計，明代276年間發生了傳染病大流行64次，而清代266年間發生了74次，可見傳染病流行之頻繁。我國歷代醫家對傳染病的防治十分重視。如《黃帝內經》、《傷寒論》、《諸病源候論》、《干金方》、《外台秘要》等著名醫著中都有防治傳染病的經驗的記載，但這些記載都不系統。我國第一部治療急性傳染病的專門著作是清代吳有性所作的《溫疫論》。
吳有性，字又可，是明末姑蘇(今江蘇吳縣)人。吳有性所處的時代，正是傳染病大流行的時候。明末公元1641年，正當吳有性49歲的時候，當時傳染病遍及山東、浙江、河南、河北等地。這時許多醫生找不到新的治療辦法，以致治療效果很差。吳有性親眼目睹當時一些傳染病流行地區"一巷百餘家、無一家；一門數十口，無一口僅存者"的慘景，刻苦鑽研醫學道理，不顧自己安危，深入到傳染病流行區，進行醫療實踐，通過對當時流行的傳染病的詳細研究，結合他自己豐富的治療經驗，並進行分析、總結，終於在祟禎15年(公元1642年)寫成了《溫疫論》。
《溫疫論》一書提出了當時對傳染病的稱呼"疫病"的病因是"非其時而有其氣"。《溫疫論》認為傷寒等病是由於感受天地之常氣而致病，而"疫病"則是"感天地之疫氣"致病。《溫疫論》將"瘟疫"與其他熱性病區別開來，從而使傳染病病因突破了前人"六氣學說"的束縛。《溫疫論》在我國第一次建立了以機體抗病功能不良，感染戾氣為發病原因的新論點。
《溫疫論》指出"戾氣"的傳染途徑是通過空氣與接觸，由口鼻進入而致病。《溫疫論》中還指出戾氣有特異性，只有某一特異的戾氣才引起相應的傳染病。該書還認為療瘡、發背等外科病是由於雜氣感染，而不是由於"火"。《溫疫論》首次把外科感染疫病與傳染病的病因劃入同一範疇。
《溫疫論》也十分重視機體抵抗力的重要性。該書認為："正氣充滿，邪不可入"，機體抵抗力強，則雖有接觸傳染的可能，但不大會發病。假如"本氣適逢虧欠，呼吸之間，外邪因而乘之"，機體抵抗力減低，又受到傳染，則可以發病。
《溫疫論》還提出了傳染病的傳染途徑是"有天受，有傳染"。"天受"就是空氣傳染，"傳染"就是接觸傳染。所以書中註明"凡人口鼻通乎天氣"""呼吸之間，外邪因而乘之"。《溫疫論》認為傳染病流行形式可以是大流行，也可以是散發的。
《溫疫論》在傳染病的病源、病因以及免疫性、流行性的大量論述都十分科學。尤其在17世紀中葉細菌學出現之前，《溫疫論》提出了："夫溫疫之為病，非風非寒，非暑非濕，乃天地間別有一種異氣所感"，這種異氣即"戾氣"。這種學說是十分先進的。《溫疫論》對溫疫的免疫性的論述也確是十分令人敬佩。書中說："至於無形之氣，偏中於動物者，如牛瘟、羊瘟、雞瘟；鴨瘟，豈但人疫而已哉?然牛病而羊不病，雞病而鴨不病，人病而禽獸不病，究其所傷不同，因其氣各異。"真是一段絕妙的闡述。
《溫度論》記載了不少治療傳染病的新方法。如書中認為傳染病初起宜用達原飲，等到病深；些，即所謂"邪毒犯胃"時，即不厭"急證急攻"。這些方法都為後世傳染病的治療奠定了基礎。
《溫疫論》對後世的影響很大，清代一些著名醫家如戴北山、楊栗山、劉松峰、葉天士、吳鞠通等，都或多或少地在《溫疫論》的基礎上有所發揮，有所創造。我國歷代醫家在與傳染病鬥爭的實踐中創造了溫病學說。溫病學說，淵源於《內經》，孕育於《傷寒論》，產生於金元，成熟於明清。在溫病學說的發展過程中，《溫疫論》作為我國第一部治療傳染病的專著的貢獻是很大的。直至今天，我國應用溫病學說的理、法、方、藥治療一些傳染病，如流行性乙型腦炎、流行性感冒、麻疹、猩紅熱、痢疾等，取得了很高的療效。而其中很多地方就是繼承和發揚了《溫疫論》的理論和經驗。
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