1911年至1949年民國時期，海峽兩岸中醫藥的發展頗為艱辛與困難。但不論在北洋政府統治時期，或在國民黨政府統治期間，或在日本佔領台灣地區期間，都未能阻擋兩岸同胞對祖國傳統醫藥的傳承、發展與交流，他們以各種方式和手段進行奮力的抗爭。雖然中醫藥發展面臨空前的困難，但是，海峽兩岸中醫界同仁仍然以各種形式傳承和發展中醫藥，兩岸中醫藥交流不斷，充分體現了中國傳統醫藥文化的凝聚力和親和力，也體現了海峽兩岸同胞的醫緣與藥緣。
民國時期(1911～1949年)，不論在大陸，或在台灣，中醫學的發展都面臨著生死存亡的時刻。面對當局各種倒行逆施的政策，海峽兩岸中醫界同仁，以各種形式進行了奮力的抗爭與交流，並且竭力地傳承與發展中醫學。
時代背景
1911年至1949年，不論是北洋政府統治時期，還是國民黨政府統治期間；不論在大陸，還是在台灣，中醫學的發展都面臨著空前的困難。
1912年，北洋政府教育總長汪大燮竭力主張廢棄中醫藥。1914年，袁世凱提出「廢止中醫，不用中藥」，汪精衛則主張「不但國醫一律不許執業，全國中藥店應限令歇業」。1927年至1949年國民黨統治時期，對中醫藥也是採取廢止政策。儘管在各地中醫藥界的強烈反對下，當局取消了廢止中醫議案，但1936年，有關主管部門公佈的《中醫條例》仍充滿著歧視的內容。由於北洋政府、國民黨政府妄圖消滅中醫的政策，使得大陸中醫發展遭到嚴重摧殘。
1895年的甲午戰爭，台灣被割讓給日本。為了永久霸佔台灣，消除台灣同胞的中華文化觀念，日本侵略者強制推行各種「改革」。其中對中醫採取自然淘汰制管理，即舉辦一次考試後不再許可的方式，使中醫因死亡老殘而自然逐年減少。因此，在日本侵台初期，曾對台中醫師進行過一次考試，然後頒發許可證，並規定了許多限制；繼而對中醫採取扼殺、取締政策，對具備行醫資格的中醫師，不發給執照，不准行醫。據1897年的統計，土人醫1070人，包括漢醫1046人、洋醫24人；而至1945年日本投降，台灣回歸祖國時，台灣持有從事中醫執業許可證者僅97人，台灣地區中醫藥事業受到日本侵略者的極大摧殘。
民國時期，海峽兩岸中醫藥發展都受到極大的摧殘與限制，但是這些未能阻擋中華民族對中醫藥學的傳承與宏揚，海峽兩岸中醫藥的交流仍然不斷。
中醫教育交流
20世紀30年代，大陸中醫藥界一些團體與個人不顧當局的阻撓，相繼興辦中醫學校，力爭中醫學校加入教育系統，如上海有上海國醫學校、中國醫學院等；福州有私立福州中醫專門學校、福州中醫學社等；廈門有廈門國醫專門學校等。這些中醫學校的創辦，吸引了大批有志於中醫藥發展的同仁，也吸引了許多台胞來大陸學習中醫藥。
在台灣，面對日本殖民統治當局的文化同化政策和思想奴化教育，廣大台胞一刻也沒有停止反抗日本文化殖民統治的鬥爭。他們以不同的方式同日本殖民主義者展開了長期的鬥爭，以維護中華民族傳統文化和台灣本土文化。許多台胞甚至不畏艱辛，回到祖國大陸學習漢語、學習中醫。當時廣州、廈門、南京、上海、北京等地大學生中均有不少台灣籍學生。其中到上海國醫學院學習中醫的台胞有蘇豐任、蔡榮華、鍾金枝等；在吳瑞甫主辦的廈門國醫專門學校裡學習中醫藥的有葉振成等。這些台胞通過學習中醫藥，增進了海峽兩岸同胞對祖國傳統醫藥的認同與傳承，也體現了祖國醫藥文化的凝聚力和親和力。
醫事人員交流
民國時期，海峽兩岸中醫藥界人士交往雖然規模不大，但從沒有中斷。日本佔領台灣，使得在台灣從事中醫藥的環境日益惡化，造成部分台灣中醫師不畏艱辛，回到大陸行醫；與此同時，這些台胞亦面臨著大陸國民黨政府的迫害。
1926年前後，有一批台灣籍醫生前來福建龍溪、龍海開業行醫，如石碼的謝忠信、黃德川、林良朋、林亦惠，海澄的許丕峰，浮宮的許丕丞，海滄的史介青，以及分散於各農村集鎮的台籍醫生，他們都為龍溪、龍海人民進行過救死扶傷的工作。這些台籍醫生在行醫過程中，有的還積極參與革命活動，如台灣籍醫生王輝森大夫，在海澄行醫期間，及時把自己在診病過程中獲得的重要情況通報給當地黨組織。1938年5月，日本佔領廈門後，國民黨當局下令逮捕全部居留大陸的台灣籍民。僅石碼鎮被逮捕者就有20多戶59人，其中林亦惠、謝忠信、黃德川、林良朋等醫生都遭逮捕並押解連城轉入崇安「台灣人集中營」，直至1945年8月抗戰勝利後才獲釋放。
20世紀30年代初，台灣醫師呂耀唐客居福州行醫時，應用枯痔藥條秘方治療內痔收到良好療效，倣傚者不乏人在，對福建中醫藥治療痔瘡的學術發展有著一定的影響。
而此時期大陸中醫師赴台灣地區行醫者，亦不乏其人。早期的如：林培因(1877～1938年)，諱肇研，號培因，福鼎沙埕鎮人，清光緒丙申年(1896年)，進取福鼎縣學第九名，後矢志攻讀岐黃醫術，曾受業於6位老醫生，盡得醫術奧秘，就診者絡繹不絕，40歲時(1917年)，受邀赴台灣，在台北市懸壺數載，門庭若市，震動全台。
20世紀40年代，赴台灣地區行醫者較多。舉例如下：
許汝南(1888～1949年)，字耀川，自幼接受父輩傳授醫藥知識，21歲旅居新加坡，拜田伯良先生(詔安縣人)為師，學成回家鄉。因其精湛醫術和高尚醫德，而名揚縣內外。40年代赴台灣，1946年任台灣省台南市中醫公會會長；1947年又回故里。
黃海晏，字河清，詔安人，出身中醫世家。隨父攻讀醫書。20世紀30年代赴台。1947年參加考試院中醫師特種考試及格。開設壽元中醫義診所。曾任考試院典試委員、中國醫藥研究所研究委員，台北市中醫師公會常務理事、台灣中國針灸學會顧問等職。
海峽兩岸中醫藥界人士的相互交流，促進了兩岸中醫藥學的發展，並成為發展當地中醫藥事業的骨幹。
中藥材交流
近代海峽兩岸中藥材的交流主要是依托兩岸經貿活動而進行的。
民國時期，福州是福建省最大的土特產出口及對台口岸，是閩東、閩北以及閩南部分地區的商品集散中心，並彙集了來自全國各地的物品，如山西省供給的獸皮和毛皮，從山東省、天津及沿海其他各地以木船運來的蔬菜和藥材，來自琉球島的貢舶輸入干魚、魚翅、沖燕窩、酒、海參等。福州口岸主要輸出茶葉、樟腦、木材、紙、藥材、香菇、干鮮果等。
當時廈門的進出口貿易主要由當地的十途郊經營，即洋郊、北郊、匹頭郊、茶郊、泉郊、藥郊等。藥郊從事藥材進出口貿易，同時兼辦各種海產物，可分為洋貨行及藥材行。洋貨行為主的商號輸入的貨物有洋參、燕窩、鹿茸、高麗參、鮑魚、海參、肉桂、龍涎香、琥珀、熊膽、牛黃等，主要從香港輸入，供給漳、泉等地。藥材行的商號辦理的貨物有肉桂、珍珠、琥珀、牛黃、犀角等，均從新加坡、安南、淡水等地輸入。
抗戰期間，由於福州、廈門兩大港口遭受封鎖，對外貿易的進行便轉移至三都澳、漳州石碼、泉州、涵江、海口、沙埕等港口。如廈門淪陷後，閩南各縣進出口貨物分散於漳州泉州兩地。出口貨物是紙類、竹品、藥材、雜物等。從海峽兩岸的貿易內容來看，中藥材是這一時期海峽兩岸經貿往來的主要內容之一，雖然規模不大，但從未中斷。
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