《神農本草經》是中醫藥理論體系形成的四大標誌之一，奠定了中藥學基礎，中藥理論體系便由此發生、發展成為一門獨立的分支學科。
《神農本草經》歷來又被簡稱為《本草經》，之所以將其冠以「神農」，是因為在西漢及其此前，「世俗之人，多尊古而賤今，故為道者，必託之神農、黃帝而後始能入說」（《淮南子·修務訓》）。顯然，這是當時的學風使然、文化背景使然。對於該書而言，托名「神農」不僅僅是一種托辭，而且既有相當長的歷史淵源，又有相關的史料為依據。
據現存史料記載，早先是將農耕活動與神農發生聯繫的，將三皇中的炎帝稱為「神農」就是明證，認為他就是最早的農業專家並教人稼穡。《孟子·滕文公》中就有相關的記述。據班固整理上古的文獻之中，有關「神農」治農內容的資料就有20篇之多，並認為「六國時，諸子疾時怠於農業，道耕農事，托之神農」（《漢書·藝文志·農家類》）。在《呂氏春秋》中早已有類似的記載，認為「神農身親耕，妻親績」。班固對此補注曰：「古之人民皆食禽獸之肉，至於神農，人民眾多，禽獸不足，於是神農因天時分，地之利，制耒耜，教民農作，神而化之，使民宜之，故謂之神農也」（《漢書·藝文志·農家類》）。這裡不但將「神農」與古代農事活動聯繫在一起，還詮釋了為何將炎帝尊為「神農」的理由。
本草類中藥屬於古代農事活動乃至現代的大農業範圍，這是人所共知之事，這也是古人將本草乃至中藥學知識與「神農」掛鉤的理由之一。加之人類為了生存，要與飢餓、要與疾病作鬥爭，這都與本草無法分開。植物類食物絕大多數都是藥、食兩用的，古人在將炎帝與農業聯繫，以及對本草類藥物深刻認識的同時，也就自然而然地將藥物、本草與其聯繫並托附於他。因此，西漢陸賈就持這一觀點，認為上古時代，「民人食肉飲血，衣皮毛，至於神農，以為行蟲走獸，難以養民，乃求可食之物，嘗百草之實，察酸苦之味，教民食五穀」（《四庫備要·子部·新語捲上》，中華書局，1955年）。西漢劉安對這一說法有進一步的分析，認為「古者民茹草飲水，采樹木之實，食蠃蛂之肉，時多疾病毒傷之害，於是神農乃始教民播種五穀，相土地宜燥潤，肥饒高下，嘗百草之滋味，水泉之甘苦，令民知所避就。當此之時，一日而遇七十毒」（《四庫備要·子部·淮南子·修務訓》，中華書局，1955年）。司馬遷將古人對炎帝與醫藥密切聯繫的認識作了總結，明確地指出，「神農，以赭鞭（鞭通『辨』）草本，始嘗百草，始有醫藥」「神農和藥濟人」（《史記·補三皇本紀》）之後，世人便毫無爭議地將本草、將醫藥創始之功歸之於神農。因而漢晉以降，人們將傳載古代有關藥物知識的專著托名神農，便是在情理之中的事了。
漢晉以後乃至今日，醫藥界之所以將傳載治病療傷的藥物知識著作命名為「本草」，五代時期韓保升雖然有「藥有玉石、草木、蟲獸，而直雲本草者，為諸藥中草類最眾」（《蜀本草》序）的解釋，此解雖然不乏道理，但未暢明其旨，未能洞徹為何要用「本」字冠「草」的理由。複習古代相關文獻之後可以這樣認為：一是「本草」一辭在漢代已是政府的官方用語，並將專司「本草」的官職稱為「本草待詔」（《漢書》的《平帝紀》、《郊祀志》、《遊俠傳》等）。二是漢代已將「本草」作為書名（《漢書·樓護傳》），而且樓護還閱讀過書名為「本草」的文獻，這在當時其他醫學文獻中已將「本草」作為醫用藥物的專用詞。如《漢書·藝文志·經方類序》就有「本草石之寒溫」之語即是例證。三是因神農開創農耕以後，為人類生存提供了可靠、穩定的飲食和藥食兩用的原料來源，無論是天然野生或者人工經過馴化栽培的植物，均是民眾用以果腹乃至治病除疾之根本，因而以「本」字冠「草」。可見，「本草」作為藥物專著不但由來已久，而且其意義深遠。
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