自從西晉皇甫謐《針灸甲乙經·序》第一次提到《神農本草經》書名之後，張華《博物誌》將其簡言之為《神農經》，其中傳載藥物的內容經南朝齊梁陶弘景對當時載藥分別為「595種、441種、319種」，至少三種不同傳本的《神農本草經》進行整合，從中選定了365味藥物及其內容，又從《名醫別錄》中選擇了365味藥物及其內容，共計730種，在保留上、中、下三品分類的基礎上，根據藥物的自然狀態及臨床所用，創造性地將藥物分為玉石、草木、蟲獸、果、菜、米食及有名無用七大類。陶氏為了區分兩種底本不同資料源的內容，採用「朱文」和「墨文」兩色書寫方式予以標記，這為後世識別《神農本草經》的原貌有十分重要的文獻學價值。這就是他所說的「苞綜諸經，研括煩省，以《神農本草經》三品，合三百六十五種為主」(《本草經集注·序》)，此乃「法三百六十五度，一度應一日，以成一歲」（《神農本草經·序》）。顯然，「三百六十五種」之數是陶弘景確定的，《神農本草經·序》文中的「三百六十五種，法三百六十五度」也應當是出於陶氏之筆，只要認真研讀兩書之序，是不難得出這一結論的。
《隋書·經籍志》雖然轉引了梁國阮孝緒《七錄》中的五種《神農本草經》和9種《本草經》書名，但卻無法知曉這14種古「本草」文獻的具體內容。唐初經蘇敬等人在陶弘景《本草經集注》的基礎上，補充了隋唐時期所增的藥物，修編了世界上第一部由政府頒行的藥典——《新修本草》（公元659年），又稱為《唐本草》，共54卷，收載850種藥物，並將陶氏的七類分法調整為玉、石、草、木、禽獸、蟲魚、果、菜、米谷和有名無用9類。在此同時，蘇敬等人又親自繪製和徵集了相應的藥圖，編著了第一部藥物圖譜，這就是世傳的《本草圖經》。作為獨立傳本的《神農本草經》在《唐書·藝文志》中仍著錄有3卷本和署名雷公集注的4卷本兩種。為何從隋代至唐代著錄的《神農本草經》傳本數目減少了呢？最主要的箇中原因是經過陶弘景和蘇敬等人的精心整理修訂，使本草的內容趨於全面、詳盡、適用、規範，未經過整治的古本《神農本草經》也就失去了存世的價值。這可能是著錄數量減少的最主要因素。其次，因戰亂丟失，以及唐以前的各類文獻書籍均為手抄本而不便於收藏等，也是十分可能的原因。
北宋初期，經劉翰等人，取《新修本草》、《蜀本草》校訂，又參以《本草拾遺》內容，修編成《開元本草》（公元973年）。次年李昉予以重新修訂，名曰《重訂開元本草》，據其序言稱：鏤版時「以白字為『神農』（註：指《神農本草經》）所說，以黑字為『名醫』（註：指《名醫別錄》）所傳，『唐』（註：指《新修本草》，又名《唐本草》）附。今附（註：指《重訂天寶本草》所增），各加顯注，詳其解釋」，全書共收載藥物983種，此書已佚，但其內容被收錄於唐慎微的《經史證類備急本草》。可見，《重訂開元本草》收錄《神農本草經》內容可能有三個途徑：一是此書作者在修編時還見到《唐書·藝文志》注錄中的《神農本草經》原著，因為在李昉編撰的《太平御覽》（公元976年~983年）所載《經史》圖書綱目中還有《神農本草經》的書名。李昉對《重訂開元本草》重新修訂時參閱了該書內容，其「序」言之「以『白』字為『神農』所說」亦可為此判斷之佐證。二是憑借《新修本草》中傳載的相關內容。三是依據陶弘景《本草經集注》的內容。
之所以認為《重訂開元本草》中有關《神農本草經》的內容取材於《本草經集注》的判斷有兩點理由：其一，陶弘景的《本草經集注》是從《神農本草經》和《名醫別錄》中各選365種藥物集注而成，而《重訂開元本草》所載的983種藥物內容也是以這兩書為主。其二，李昉等人借鑒了陶氏以朱、黑兩色區別不同資料源的做法，讓當時及後來者能識別《神農本草經》的古樸風貌。雖然《神農本草經》在北宋初期還尚存於世，但在天聖年間編撰的《崇文總目》（公元1023年~1031年）以及嘉祐五年（公元1060年）掌禹錫編著的《嘉祐補注本草》所引《書傳》中均無其書名，說明在北宋中期，此書已經亡佚，這也就是《宋史·藝文志》中沒有著錄的緣由了。
《經史證類備急本草》是蜀地出生於祖傳醫家唐慎微編撰而成（公元1056年~1093年），後來在大觀二年（公元1108年）、政和六年（公元1116年）和紹興二十九年（公元1159年）三次大的修定，更名為《重修政和經史證類備用本草》（人民衛生出版社，1955年影印本。以下簡稱《證類本草》）。這也是當今人們能閱讀到的《證類本草》。本書是以《嘉祐補注本草》為基礎，總結了宋代以前藥物學成就，共收載藥物1746種，仍以「白文」與「黑文」區別《神農本草經》的古文獻與別本文獻。
《證類本草》在中國藥物史上具有承前啟後的里程碑地位，無論是對後來在海內外產生過廣泛影響的《本草綱目》誕生，還是對後人輯錄《神農本草經》都產生了巨大的作用和深遠的影響。若僅就後世多個輯錄《神農本草經》版本言之，
陶弘景的《本草經集注》是文獻取材的源頭，人們無法從現存文獻中覓尋比其更早的完整文獻了。唐初《新修本草》和《證類本草》則是取材的重要依據，尤其是後者。根據尚志鈞先生考證，明代的盧復、清代的孫星衍和孫馮翼、黃奭、王闓運、姜國伊以及日本國的狩谷望之志和森立之等人所輯錄的《神農本草經》本，悉以《證類本草》的「白文」為主，參以別本所載「本草」內容的文獻（如《太平御覽》等）整理而成。正因為各種輯錄本中三品365種藥物的主體內容源於《證類本草》的「白文」，而諸如藥物的產地、生長環境、別名等相關文獻參考了別的文獻資料源，加之流傳轉抄的原因，這就使得諸家《神農本草經》輯錄本之內容出現了大同小異的緣故。
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