扁鵲在長期的醫療實踐中形成了自己的醫學思想，其中許多醫療道德要求和診療原則，時至今日仍很有借鑒意義。
據《漢書·藝文志》載，扁鵲有著作《內經》和《外經》，但均已失佚。相傳中醫學的經典《難經》也出自扁鵲之手。
扁鵲具有高尚的醫德，他謙虛謹慎，從不居功自傲。治好虢太子的屍厥症後，人們都稱讚他有起死回生的妙手，扁鵲卻實事求是地說，那是因為病人並沒有死，自己只是消除其重病而已，稱不上是起死回生。
扁鵲秉承科學的醫療精神，對巫術深惡痛絕，認為醫術和巫術勢不兩立。《史記》把他的行醫原則歸納為「六不治」：一是依仗權勢、驕橫跋扈者不治；二是貪圖錢財、不顧性命者不治；三是暴飲暴食、飲食無常者不治；四是病深不早求醫者不治；五是身體虛弱不能服藥者不治；六是相信巫術不相信醫道者不治。這體現了他堅持真理、反對強權的精神。
扁鵲還認為治病需及早，防患於未然是最好的治療。這一信條在「蔡桓公諱疾忌醫」的故事中已經得以體現。
在行醫過程中，扁鵲還能根據當地需要，隨俗為變地展開醫療活動。在邯鄲，聽說當地尊重婦女，他就做婦科醫生；在洛陽，聞知周人敬愛老人，就做專治耳聾眼花四肢痺痛等老年病的醫生；到了咸陽，因為秦人愛護兒童，就做治療小孩疾病的醫生，根據各地習俗適時變換醫療範圍。這也反映了扁鵲是一個精通各科的醫學多面手。
先秦時期，醫學尚未明確分科，這就對醫生的專業素質提出了嚴峻要求。而扁鵲對各種病症都毫不避諱，一視同仁，不僅精擅婦科、兒科、五官科，還是內科能手，從蔡桓公、虢太子的例子就可見一斑，據說他還精通外科手術，並且應用了藥物麻醉來進行手術。
在具體的醫療實踐中，扁鵲不僅在診斷過程中運用四診法，在治療過程中也採用綜合治療的方法，比如救治虢太子時，他就用了針刺法、熱熨法和服湯藥法等。綜合療法是扁鵲行醫的主要治療措施。
此外，「扁鵲見蔡桓公」的故事中，扁鵲對病變過程的認識也包含了人體解剖組織結構、疾病的發展規律、治療的法則及具體方法等醫學思想。這些思想和原則在先秦時期都是非常可貴的認識。
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