人們把五味子當作中藥具有悠久的歷史，在秦漢時期，人們就已經發現它寶貴的中藥價值了，這可以在秦漢時期的著名中藥學專著《神農本草經》中找到證據，在這本書中把五味子列為上品。
五味子具有很高的醫藥價值，它的名稱由來和宋朝名醫蘇頌有關，蘇頌曾經這樣形容過五味子：「五味皮肉甘酸，核中辛苦，都有鹹味，此則五味見也。」所以五味子由此得名。五味子因其五味而具有養五臟的功效，因為我國中醫認為；酸入肝，苦入心，甘入脾，辛入肺，鹹入腎，五味子五味俱全。而且我國中醫藥歷史上，很多名醫都認識到了五味子可以養五臟之氣，比如唐代名醫孫真人認為「五月常服五味子以補五臟氣」，明代醫學家李時珍也曾經說過「五味子鹹酸入肝而補腎，辛苦入心而補肺，甘入中宮益脾胃。」另外，同時期的醫學家李士財對五味子的養五臟之功效的闡述更為細緻，他還把五味子譽為「生津之要藥，收斂之妙劑」。《神農本草經》、《本草綱目》、《中藥大辭典》等中藥學著作均對五味子以及其醫藥價值做了詳細的記述，現代中醫認為它有止瀉、止咳、止汗、止喘等功效。
在五味子眾多的藥用價值之中，最為顯著的就是止咳。對於五味子能夠止咳，很多中藥書籍和中醫名家都有記載，比如清代名醫黃宮繡及其著作《本草求真》等。張錫純曾說過「五味子斂收之力甚大，若咳逆上氣挾有外感者，須與辛散之藥合用，方能服後不致留邪。」咳嗽中有一種叫做「黃昏嗽」，是肺虛氣逆，兼挾虛火之症，用五味子治療此病可以起到很好的效果，名醫張山雷、朱丹溪、黃宮繡等都曾用過五味子來治療此病。
五味子還有南五味子和北五味子之分，二者相比，北五味子的藥用價值比較高，所以中藥常用北五味子入藥。對於在醫藥中的用量，醫學家也有不同的見解，有些醫學家認為不宜多用，另外的則是相反，其實用量的多少需要因病而異。
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