命門一詞，最早見於《內經》。如《靈樞·根結》說：「命門者，目也。」將命門作為內臟提出，則始於《難經》。晉唐乃至宋代，很少提及命門。從明代起，隨著人們對腎臟功能的日趨重視，命門亦為醫家重新重視。歷代醫家對命門的部位、功能及其與腎的關係作了較深入的探討，各家認識並不一致。《難經·三十六難》提出「左腎右命門」說，《三十九難》論其功能曰：「命門者，諸精神之所捨也。男子以藏精，女子以系胞，其氣與腎通。」明·虞摶明確提出「兩腎總號為命門」說，認為命門「為元氣之根本，性命之所關。」張介賓進一步闡述命門之功能云：「故命門者，為水火之府，為陰陽之宅，為精氣之海，為死生之竇」（《類經附翼·求正錄》），「命門為元氣之根，為水火之宅。五臟之陰氣，非此不能滋；五臟之陽氣，非此不能發」（《景岳全書·傳忠錄》）。此一論點，也為腎陰、腎陽理論的形成奠定了基礎。明·趙獻可則提出「命門在兩腎之間」說，認為命門的功能，主要是真火的作用，主持人體一身之陽氣。明·孫一奎提出「命門為腎間動氣」說，認為這種動氣，乃生生不息之氣，是人身先天之太極，造化之樞紐，陰陽之根蒂，臟腑之根本，生命之源，並不限於火。另外，明·張介賓尚提出「命門為產門、精關」說，他在《類經附翼·真陰論》中說：「腎有精室，是曰命門」，「夫命門者，子宮之門戶也。」
現代中醫學術界對命門學說的討論也較多。對於命門的生理功能，比較一致的看法有：
１命門和腎是一而二，二而一，有不可分割的關係。有學者認為命門可詮注為「性命之門戶」，主要是突出強調腎在生命活動中的重要性。正如孫一奎《醫旨緒餘·命門圖說》所說：「考越人兩呼命門為精神之捨，元氣之系，男子藏精，女子系胞著，豈漫語哉！是極歸重於腎為言，謂腎間原氣，人之生命，故不可不重也。」
２命門之火（陽氣），為人身陽氣之根本，能溫化腎水，蒸蘊脾胃膀胱，使水谷運化，津液輸布。
３命門之火主生殖，火旺則性慾亢進，火衰則性機能減退。對於命門功能看法之分歧，主要在於主火與主水火之爭，即主火說認為腎主水，命門主火；而主水火說則認為命門為水火之宅，其實質即是腎陰、腎陽。然就臨床應用而言，多提命門之火，很少提到命門之水。另有學者提出兩儀命門說，指出兩儀命門之元陰、元陽者，男為純陽命門，內藏元陽，位居於外，名曰睪丸；女為純陰命門，內藏元陰，位於內，名曰卵巢。兩者各藏一息真陰真陽之氣，為生命之根源，造化之樞紐，為熏育之主，為藏精系胞之器。
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