藏象學說形成的基礎，同時亦決定了藏象學說的特點：一是以五臟為中心的整體觀，二是具有時空觀念的結構功能模型。
1．以五臟為中心的整體觀
以五臟為中心的整體觀，是整體觀念在藏象學說中的體現，它認為人體是一個極其複雜的有機整體，人體各組成部分之間在形態結構上不可分割，在生理功能上相互協調，在物質代謝上相互聯繫，在病理變化上相互影響。這種人體自身的整體性主要體現在三個方面：一是人體五臟、六腑、形體官竅通過經絡的聯絡、氣血的貫通連接作用及功能的配合隸屬關係，構成五大功能系統。二是五大功能系統之間又通過五行的生剋制化，相互助長和制約，維持著整體生命活動。在五大功能系統之中，五臟藏蓄精氣，主持氣化，居於核心地位，六腑的功能從屬於五臟，奇恆之腑貯藏的精氣也源於五臟。五臟功能健旺，人體其他器官活動才能正常，身體才能強壯。故《素問·脈要精微論》說：「五臟者，中之守也」；「得守則生，失守則死。」在五臟中，心又為一身之大主，在心的主導下，全身臟腑器官的功能活動才能達到協調統一。故《靈樞·口問》說：「心者，五臟六腑之主也。」三是五臟的生理活動與人的心理活動密切相關。藏象學說認為，人體的心理活動是由心主宰，而分屬於五臟。《素問·宣明五氣》說：「心藏神，肺藏魄，肝藏魂，脾藏意，腎藏志。」情緒變化對應於五臟，心在志為喜，肝在志為怒，脾在志為思，肺在志為憂，腎在志為恐，五臟共同維持著心理活動的正常進行。
另外，以五臟為中心的五大功能系統又與外環境相通應，主要通過五臟的功能活動，調節著體內外環境的協調平衡。總之，藏象學說是以五臟為中心，將人體的內臟、形體諸竅和心理活動都歸屬於五臟，以五臟的功能活動及其相互關係來闡釋人體內環境及其與外環境的協調統一。
2．具有時空觀念的結構功能模型
藏象學說的構建過程，是一個由實體向功能態演化的過程。藏象學說的形成，雖然依據了一定的解剖知識，但主要是在古代哲學思想影響下，通過對生理、病理等表象及臨床療效信息的觀察分析，生理、病理和診治相互印證、推導而成。所以，中醫藏象理論重在研究臟腑器官的功能活動以及結構關係，而對其形態結構的認識十分粗略，有的甚至難以確定其位、其形，更不研究臟腑器官的物質構成。如對於肝臟，中醫認識到其功能為主疏洩和主藏血，並有詳細的描述；從其結構關係而言，認識到肝與膽相表裡，開竅於目，在體為筋，其華在爪，但甚少論及肝的形態位置，甚至從肝的功能及其與脾、腎關係的角度，反推肝的位置，出現肝位中焦與肝在下焦之爭。另外，藏象學說也從「人與天地相參，與日月相應」的整體出發，強調時間與方位，其所言臟腑，即含有時間與方位觀念在內。如就時間而言，肝應春，心應夏，脾應長夏，肺應秋，腎應冬；若將一日的晝夜晨昏視為一年四季，則肝應平旦，心應日中，肺應日入，腎應夜半。五臟各在其相應之時而其氣相對旺盛，從而呈現出生命活動的時間節律性。就方位而言，肝應東方，其氣溫和而有萬物初生之象；心應南方，其氣炎熱而有萬物長勢繁茂之象；脾應中央，其氣濕潤而有萬物變化之象；肺應西方，其氣涼肅而有收斂之象；腎應北方，其氣寒冷而有閉藏之象。將此關係推論到人體，若以人面南定位，則如《素問·刺禁論》所說：「肝生於左，肺藏於右，心部於表，腎治於裡，脾為之使。」正由於藏象學說是一種具有時空觀的結構功能模型，所以，藏象學說中一個髒的功能，可能包容著解剖結構上多個器官或系統的功能，而現代醫學一個臟器的功能也可能分散在多個中醫臟腑之中，藏象的本質是一個以系統功能為主體的多元化實體結構。
由於歷史條件的限制以及中醫學整體觀察和類比思辨的思維方法，決定了藏象學說具有重宏觀思辨、輕微觀研究，重臟腑功能、輕形態結構的特點，其對臟腑的認識，詳於對生理病理現象及其與臟腑組織之間聯繫的觀察分析，而略於對具體形態結構的細微剖析。因此，學習藏象學說，要注意科學地理解和把握其內涵，並結合臨床實踐不斷地加以發展。
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