中醫基礎理論是研究中醫學基本概念、規律、原理、原則等的一門學科，是整個中醫現代學科群的基礎。它以獨特的研究思路與方法，客觀地概括了人體生理活動、病理變化、養生和防治疾病的基本規律，因而具有指導臨床實踐的作用。其內容主要包括中醫學的哲學及方法論基礎，中醫學對正常人體與疾病的認識，以及中醫養生和治療原則等。
任何一門學科都受一定哲學思想的指導。中醫學以中國傳統文化為母體，因此，中國古代哲學及其思維方式對中醫理論體系的滲透和影響是全方位的，自始至終的。它不僅是中醫理論的指導思想，而且構成了中醫理論體系的基本內容。首先，精氣學說（又稱「元氣論」、「氣論 」）作為主導性自然觀，對世界「本體」問題作出了中國古代哲學的代表性闡述，並決定著中國傳統科學包括中醫學的研究思路、方式及其特質，也是整個中醫理論得以建立的基石。其次是陰陽和五行學說，它們具有自然觀和方法論的雙重性質。陰陽學說所要揭示的是宇宙萬物最一般的聯繫和最深刻的本質，是世界運動最普遍的規律；五行學說所要揭示和證明的是宇宙萬物都有一定的結構，而且具有統一的結構模式，並試圖具體地刻畫出系統事物錯綜複雜的結構關係的一般機制。中醫學家正是借用陰陽和五行學說認識生命及相關問題，分析歸納有關資料和信息，以建構中醫理論體系。另外，與元氣論、陰陽及五行學說相伴的思維方式和方法，也是中醫基礎理論的重要內容。
中醫學對正常人體認識的理論，主要包括藏象學說、經絡學說和精氣血津液三大學說。
藏象學說借助以「像」測「藏」的司外揣內等方法，以研究臟腑的生理功能、病理變化及其相互聯繫為中心，結合研究臟腑與形、竅、志、液及外環境的關係，它與經絡學說構成中醫理論的核心。精氣血津液理論主要探討生命的物質組成及其機能活動的物質基礎，闡述其生成、運行輸布、功能、代謝、相互關係及其與臟腑之間的關係。經絡學說主要闡釋機體聯絡通道的構成、分佈、功能及病理變化等。這三種學說相互包容滲透，互為補充，構成了中醫學對人體生命獨特而精闢的認識。另外，體質與人格，是不同個體的生理與心理特性的反映，影響著人對自然、社會環境的適應能力和對疾病的抵抗能力，以及發病過程中對某些致病因素的易罹性和病理過程中疾病發展的傾向性等，也是中醫基礎理論的主要內容。
中醫學對疾病認識的理論，包括病因學說和病機學說。病因學說探討引起疾病的各種原因及其性質和致病特點、規律等。病機學說主要研究疾病發生的原理及影響或誘發疾病的常見因素、發病途徑和類型、疾病發展變化和轉歸的基本機理和一些共性規律。
中醫養生與治則，也是中醫基礎理論的有機組成部分。養生學說研究人類的生命規律，探索衰老的機理，尋找增強生命活動、預防疾病、延年益壽的原則和方法。中醫基礎理論主要介紹養生的基本原則和主要方法。中醫治則理論根據其研究對象的抽像程度高低及在治療行為中主導作用的差異，可分為治療觀和基本治則兩部分。治療觀部分重在研究治療疾病過程中的最高層次的原則，是臨床治療時所需貫徹的基本思想；基本治則部分主要研究指導具體病證治療的一些基本原則，是治療觀的具體貫徹，又對具體治療方案、方法的選擇與確定起重要的指導作用。至於治療疾病的具體方法，則屬於中藥學、方劑學及臨床各學科的內容。
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