陰陽學說既是人們看待事物的一種方法論和世界觀，是人們的指導思想；同時它也被廣泛運用於中醫學，成為中醫學治療疾病的重要依據。
(I)借陰陽「剖」人體。人有陰陽之分，女性為陰，男性為陽，同時人體內部無論男女，也有陰陽之分。例如，人體的外部軀體，例如四肢、頭部、胸部等為陽，而內部的五臟六腑則為陰。在人體外部，背部為陽，腹部為陰；而在五臟六腑中，大小腸、膽、胃、三焦、膀胱為陽，而肝、心、肺、脾、腎為陰。我們不但可以用陰陽區分人體的生理結構，我們還可以用陰陽來解釋人體的各種生理活動：人體要進行各項生理活動，一方面要保證身體的各個部位能夠發揮正常的功能，另一方面，也需要充足的能量，即豐富的營養物質。在這裡，功能為陽，營養物質為陰，它們也是對立統一的關係。例如：只有營養物質豐富，才能為人體充分發揮各項功能提供充足的能量；同時，只有功能正常，人體才能夠從外界攝取足夠的營養物質，並將其轉化為可被人體利用的能量。
(2)觀陰陽識病因。當人體保持一種健康的狀態時，人體中無論是生理結構中的陰陽，還是生理活動中的陰陽都處於相對平衡的狀態，陰陽相互協調。若人體發生病變，則很可能是由於在某種因素的影響下，導致陰陽失調，對人體健康造成不利影響。常見的陰陽失調主要是偏盛和偏衰兩種狀態。根據陰陽是此消彼長的關係這一原理，有偏盛則有偏衰。若陰偏盛，則必會導致陽偏衰；若陽偏盛，則必會導致陰偏衰。偏盛包括陽盛和陰盛兩部分，其中陽盛的主要症狀為渾身發熱、面部發紅、小便黃赤、口乾舌燥等；陰盛的主要症狀為畏寒、四肢發冷、面色蒼白、腹部疼痛等。偏衰包括陽衰和陰衰兩部分，陽衰的主要症狀表現為畏寒、喜溫、大便稀薄等；陰衰的主要症狀表現為渾身虛熱、盜汗等。在中醫學上，可以根據偏盛、偏衰的不同狀態，找到病因，並依照病因，選擇合適的治療方法，以調節陰陽失調。例如，可以用瀉陽來治療陽盛，用瀉陰來治療陰盛；用滋陰來治療陰衰，用壯陽來治療陽衰。
(3)中藥也分陰陽。中醫治療疾病主要依靠藥物治療、針灸治療、按摩治療等方法，藥物治療是中醫治療疾病的一個主要治療方法。不但人體有陰陽，藥物也有陰陽。例如，藥物性味中的溫、熱、辛、甘、淡為陽，而寒、涼、苦、酸、鹹為陰，應拫據藥物的陰陽屬性不同來治療不同類型的疾病。例如，治療陰盛，則適宜選擇屬陽的藥物；治療陽盛，則適宜選擇屬陰的藥物，以協調人體內失調的陰陽。
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