奇經八脈縱橫交叉於十二經脈之間，主要有以下三個方面的生理作用：
（一）密切十二經脈之間的聯繫
奇經八脈在循行過程中，不但與十二經脈交叉相接，加強十二經脈間的聯繫，補充十二經脈在循行分佈上的不足，同時對十二經脈還起到分類組合的聯繫作用。如督脈與手、足三陽經交會於大椎，故為「陽脈之海」；任脈在中極與關元穴和足三陰經交會，而成「諸陰之海」；衝脈通行上下，滲灌三陰三陽，稱之為「十二經脈之海」；帶脈約束諸經，溝通腰腹部的經脈；陽維維於陽，組合所有的陽經；陰維維於陰，組合所有的陰經；陰蹺脈與陽蹺脈均起於足踝部，對下肢內外側的陰經與陽經有協調作用。
（二）調節十二經脈的氣血
奇經八脈錯綜分佈、循行於十二經脈之間，當十二經脈氣血旺盛有餘時，則流注於奇經八脈，涵蓄以備用；當生理活動需要或十二經脈氣血不足時，可由奇經溢出給予補充，以保持十二經脈氣血在總體上的相對恆定狀態，有利於維持機體生理功能的需要。正如《聖濟總錄·奇經八脈》所說：「脈有奇常，十二經者，常脈也，奇經八脈則不拘於常，故謂之奇經。蓋言人之氣血，常行於十二經脈，其諸經滿溢，則流入奇經焉。」
（三）加強與某些臟腑的聯繫
奇經不像十二正經那樣與內臟有廣泛的聯繫，僅與肝、腎等髒及女子胞、腦、髓等奇恆之腑的關係較為密切。如女子胞、腦、髓主要與奇經直接聯繫，相互之間在生理和病理方面均有一定影響；沖、任、督三脈一源而三歧，帶脈環腰一周，共同構成一個完整的系統，且和肝經相通，故與疝氣及女子的經、帶、胎、產等密切相關。
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