一般說來，科學理論的建構都要借助於觀察、實驗、測量、調查、數學、邏輯、科學抽像、創造思維、建立假說和理論等科學研究方法體系。科學哲學認為，方法是學科體系中最深層、最本質的內容，它決定著學科的眾多特點。中醫學之所以能成為一種獨特的醫學體系，在很大程度上取決於它的科學研究方法體系，包括認識人體生命活動規律和疾病的方法，加工經驗材料的方法，建立科學理論和檢驗科學理論的方法，敘述科學結果的方法等。
中醫學理論體系的建構方法，是指相對於四診、辨證、治法、針法、灸法等特殊科學方法而言的哲學方法和一般科學方法。中醫理論建構的哲學方法即精氣、陰陽、五行學說。一般科學方法通常分為經驗性科學方法、理論性科學方法和橫向學科方法三類。經驗性科學方法是獲取經驗材料或科學事實的一般方法，如觀察、實驗、調查、測量方法等；理論性科學方法是對經驗、事實進行思維加工，建立理論的一般方法，包括分析、綜合、歸納、演繹、類比等邏輯方法以及假說方法、思想實驗、理想化方法等；橫向學科方法是指由數學、一般系統論、信息論、控制論等橫向學科抽取出來的一般方法，如各種數學方法和系統方法、黑箱方法、反饋方法、信息方法等。中醫理論建構最具特色的一般科學方法當是理性思維方法，它對經驗性科學方法有制約作用。
1．司外揣內
司外揣內是指通過觀察事物的外在表象來分析判斷事物內在狀況的認知方法，也稱為以表知裡。早在《靈樞·外揣》中就指出：「合而察之，切而驗之，見而得之，若清水明鏡之不失其形也，五音不彰，五色不明，五藏波蕩，若是則內外相襲，若鼓之應桴，響之應聲，影之應形。故遠者司外揣內，近者司內揣外，是謂陰陽之極，天地之蓋。」中醫的元氣論自然觀和氣化論生命觀內在地規定了中醫認識和研究人體在「像」的層次上，因而也決定了中醫認識事物的方法為司外揣內。
《孟子·告子下》說：「有諸內必形諸外。 」已認識到事物的本質和現象之間有著必然的聯繫，事物內在的變化，可通過某種方式在外部表現出來。故通過觀察表象，可在一定程度上認識內在的變化機理。如《靈樞·刺節真邪》說：「下有漸洳，上生葦蒲，此所以知形氣之多少也。」即從葦蒲的繁茂與否，可以推斷下面水土的肥瘠情況。中醫理論關於人體生理病理的許多知識即以此為認知方法，藏象學說就以此為方法論的根基，借助於對外在生理病理現象的觀察分析，來推知判斷內在臟腑的功能特點。司外揣內是決定中醫學本質特徵的科學方法，有效地解決了中醫學所把握的現象與狀態的關係。中醫學通過對生命現象的觀察、辨認，形成感性認識，進而發現並歸納本質屬性的生命狀態與表現於外在現象的固定聯繫，形成概念，完成對「像 」的研究，即司外揣內之「司外」的階段。然後由概念展開判斷、推理，進入「揣內」階段。揣，本質上是由現象形成概念，進而展開為判斷、推理的邏輯思維過程。所以，「司外揣內」是為實現認識人體的「現象一狀態」層面生命規律而採取的手段和思維途徑。
司外揣內的方法與現代控制論的黑箱方法有所相似。對於內部有著複雜聯繫而又不便打開逐項分析，或打開後可能干擾破壞原有狀態的研究對象，特別是生命體的活動過程和變化，借助黑箱方法，通過對輸入信息和輸出信息之間關係的比較研究，常可測知該對像內部的大致聯繫及其變化規律。由於此法沒有肢解對像和干擾破壞對像固有的各種聯繫，因此「失真」較少，可獲得許多用白箱（還原分析）方法所無法獲悉的信息。中醫藏象學說之所以有許多超結構的聯繫，如「腎開竅於耳」、「肺主皮毛」等，究其原因即在於此。
由於司外揣內的方法是在沒有打開黑箱，不太瞭解內在結構變化的情況下進行研究的，故它在保持人體整體性、運動性的前提下，雖然從總體上準確地把握了人體生命活動的規律性變化，但對許多細節的瞭解則不太清晰，因而又在很大程度上限制了對總體認識的深入，此是其局限性所在。
2．取象比類
取象比類是古人在觀察事物獲得直接經驗的基礎上，運用客觀世界具體的形象及其象徵性符號進行表述，依靠比喻、象徵、聯繫、推類等方法進行思維，反映事物普遍聯繫及其規律性的一種思維方法。它導源於《易經》，是貫穿於中醫理論體系的基本方法之一。
首先，取象比類在於「觀物取象」。所謂「像 」，不僅指直觀可察的感性形象，客觀事物的外在表現，更重要的是指事物的功能動態之象。中醫學認識世界的最基本的特點，就在於把一切事物幾乎都歸結為與陰陽或五行相應合的「像」。事實上只有「像」才可劃分為陰陽或五行，而純粹的形質，即脫離一定行為、功能表現和相互關係的形質，則無所謂陰陽或五行。第二，據象歸類，整體劃分世界。中醫學認為尋找機體內部及機體與生活環境橫向動態聯繫的重要方法，是依據「同氣相求」即不同事物在感性特徵上或功能、行為方式上相似和一致，或從時空角度而言，能夠相感、相從、相召、相動、聚集在一起，則可歸為一類的原則，對人體藏象、經絡、藥物及與人體有關的自然事物進行整體劃分。第三，比類尚有模擬後進行類比之意，故取象比類又要求在動態之象的領域內選取和製作模型，通過「像 」的模型來認識人體和世界之「像」。中醫學即以五行結構為模型建立了藏象體系，以自然界六種氣候為模型建立了六種病因理論。從科學邏輯的角度看，取象比類大致包含了科學的分類、演繹、歸納、聯想和類比等諸多內容。
3．類比推理
類比推理，也稱為類比方法，是指對於兩類不同的事物，在比較的基礎上，找到、抓住它們之間的相似之處，並以此為根據，將關於一類事物的知識，遷移、推廣到另一類事物上的思維方法。類比推理的客觀基礎是事物之間普遍存在的相似性。因為客觀事物之間存在著共同性，而且也存在著差異性，所以，類比推理是一種或然性推理，其突出特點是可靠性小、創造性大，能夠充分發揮思維的想像力和洞察力，引導人們發現新的知識，有助於探索新的問題，特別是在做探索工作而理論知識和經驗材料又不足的情況下，具有重要的啟發作用。德國著名哲學家康德指出：「每當理智缺乏可靠論證時，類比這個方法往往能引導我們前進」。
中醫理論的建構廣泛地運用了類比推理的方法。中醫學從天人合一的前提出發，大量地根據自然界存在的各種現象來推論人體的功能活動、病理變化，以及對疾病的診治。如《內經》經常討論日月、寒溫、晝夜對人體生理功能的影響。《素問·八正神明論》說：「天溫日明，則人血淖液而衛氣浮，故血易瀉，氣易行；天寒日陰，則人血凝泣（澀）而衛氣沉。」對於人的生理功能在不同外界條件下發生的細微變化的這些認識，已得到現代時間生物學研究結果的認可。而中醫學家之所以能獲得這些認識，除依據長期細心的觀察外，還得益於類比方法。水的流動性狀明顯地受到寒溫的影響；人體主要成分也是水，血液則是液態物質，它在脈管中循行，就像水在河道中流動一樣。依據一定的觀察資料，再借助於類比推理，即可推導出上述見解。又如刀斧砍削樹木，其結果不同的原因在於樹木本身質地各異，據此可推論出外來病因相同，而發病情況不同的原因，在於機體內部的差異等。只不過中醫學運用類比推理多具有形象性的特點，往往對類比對象的本質認識不足，常依據感知事物的形象，借助大腦中儲存的與被認識事物形象的相似性，尋找事物的某些相似聯繫，以其他事物的某種屬性，來體會被認識事物的某些相關的屬性。
4．內景返觀
內景返觀，又叫內視、內照，是指在人體處於某種特殊狀態（通常是氣功激發態）下，人的感知能力可在一定程度上內向地體察自身機體的內在景觀，甚至作出適度調控的方法。晉·葛洪《抱朴子 ·內篇》曾說：「反（返）聽而後有所聞徹，內視而後無見朕。」明·李時珍在《奇經八脈考》中更明確地指出：「內景隧道，唯返觀者能明察之。 」意即臟腑內景和經絡隧道，一些通過特殊鍛煉和修養的人，可通過內視反觀體察感知。它如命門說、納氣歸腎說等，都可以借這一方法獲得某些現象學的依據。
內景返觀雖然不是耳目所聞見，但仍是感覺器官的感知，儘管是在生理條件下所進行的，但又具有實驗的某些特徵，是一種獨特的「心身實驗觀察方法 」。它借助導引、吐納等心身修煉方法，促使形神機能高度協調和諧的同時，常誘使機體進入易出現「內景返觀 」體驗的氣功激發狀態。此時，人體既是被認識的客體，同時又是認識的主體，主體與客體的統一及形體同精神相結合，產生了「內景返觀」的實驗觀察。這是一個閉環的信息反饋過程，又是感性認識通過思維運動逐步上升為理性認識的過程。心理學研究表明：持續較長時間地處於被動入靜狀態（阻斷外界各種信息刺激）的實驗者，可逐漸聽到由自身機能活動所產生的身體多處發出的聲響，感受到一些平時根本無法體察的生命信息。中醫學對內景返觀方法的運用有悠久的歷史，這是藏象經絡學說以及養生理論形成的方法之一。
5．形象思維
形象思維，按思維的要素劃分，也可稱為意象思維，是指把各種感官所獲得並儲存於大腦中的客觀事物形象的信息，運用比較、分類、分析、綜合、抽像、概括等方法，加工成為反映事物的共性或本質的一系列意象，以這些意象為基本單元，通過聯想、類比、想像等形式，形象地反映客觀事物的內在本質和規律的思維活動。形象思維的過程可劃分為兩個階段：初級階段是對形象信息初步加工，使之從表象上升到意象，再運用意象對客觀事物進行形象識別和聯想，以反映、認識客觀事物的過程；高級階段是對意
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