中藥的禁忌內容較廣，涉及配伍禁忌、妊娠禁忌、服食禁忌、病情禁忌、制劑禁忌等。
一、配伍禁忌
配伍禁忌，指某些藥物在復方中禁止或不宜配合運用。早在《本經•序例》的「七情」中就有：「勿用相惡、相反者」的論述，這也是後世配伍禁忌的基本依據。但相惡與相反所導致的後果並各有不同。相惡配伍只是降低藥物的某些性能，有些藥物通過減低其某些性能可以減輕或消除它的副作用而更有利於病情，則又是一種可以利用的配伍關係，所以並非絕對禁忌。而相反配伍，則可能危害患者的健康，甚至危及生命。故相反的藥物原則上禁止配伍應用。 五代後蜀韓保昇在修訂《蜀本草》時，首先統計七情數目，提到「相畏者七十八種，相惡者六十種，相反者十八種」，後人所謂「十八反」之名，實源於此。相畏在中藥「七情」中的含義，已如前節所述。但自宋代以來，一些醫藥書中，出現畏、惡、反名稱使用混亂的狀況，與《本經》「七情」中「相畏」的原義有異。作為配伍禁忌的「十九畏」就是在這種情況下提出的。目前醫藥界共同認可的配伍禁忌，主要有「十八反」和「十九畏」。
十八反：甘草反甘遂、大戟、海藻、芫花；烏頭反貝母、瓜蔞、半夏、白蘞、白及；藜蘆反人參、沙參、丹參、玄參、苦參、細辛、芍葯。
附：十八反歌訣：
本草明言十八反，半蔞貝蘞及攻烏。
藻戟遂芫俱戰草，五參辛芍叛藜蘆。
十九畏：硫黃畏朴硝，水銀畏砒霜，狼毒畏密陀僧，巴豆畏牽牛，丁香畏郁金，川烏、草烏畏犀角，牙硝畏三稜，官桂畏石脂，人參畏五靈脂。
附：十九畏歌訣：
硫黃原是火中精，朴硝一見便相爭。
水銀莫與砒霜見，狼毒最怕密陀僧。
巴豆性烈最為上，偏與牽牛不順情。
丁香莫與郁金見，牙硝難合荊三稜。
川烏草烏不順犀，人參最怕五靈脂。
官桂善能調逆氣，若逢石脂便相欺。
太凡修合看順逆，炮[zhk8]監炙煿莫相依。
以上所列十八反、十九畏的藥數，是根據金元以來比較流行的歌訣統計出來的，故為多數醫家所遵從，但在本草文獻中有關相反、相畏的藥物並非只有此數。一般十八反多超出此數，而十九畏則少於此數。
對於十八反、十九畏作為配伍禁忌，歷代醫藥學家，遵信者多；持異議者，亦復不少。亦有人認為十八反、十九畏並非絕對禁忌；有的學者甚至認為，相反藥同用，能相反相成，產生較強的功效。對於沉痾痼疾，只要運用得當，往往可收奇效。
近年來對十八反、十九畏的配伍，開展了一些藥理實驗研究。但由於十八反、十九畏牽涉的問題較多，由於研究者的實驗條件和方法存在差異，實驗結果相差甚大。有些用毒性試驗的方法，產生互相矛盾或負的結果。早期的研究結果趨向於全盤否定；近年來，觀察逐漸深入，「不宜輕易否定」的呼聲漸高。此外，還有的實驗證明，十八反、十九畏藥對人體毒副作用的大小，與藥物的絕對劑量及相互間的相對劑量有關。
總的說來，對於十八反、十九畏的藥物還有待進一步觀察研究，若無充分的根據和應用經驗，一般不應配伍使用。
二、妊娠用藥禁忌
妊娠用藥禁忌，主要討論妊娠禁忌藥。妊娠禁忌藥就是指在婦女妊娠期間，應該禁忌使用的藥物。
藥物對妊娠影響，古代醫藥學家早有所認識，如在《神農本草經》中即已載有6種具有墮胎作用的藥，梁代《本草經集注•諸病通用藥》專記了墮胎藥一項，主要還是從妊娠禁忌藥的角度來認識、對待，而不是在尋求墮胎的有效藥。
妊娠禁忌藥物，主要是根據其能引起墮胎或中止妊娠而提出來的。隨著對妊娠禁忌藥的認識逐漸深入，對妊娠禁忌機制的認識也在逐步加深。歸納起來，主要包括對孕婦和胎兒兩方面的影響：即對母體不利和產程不利；對胎兒發育影響及小兒生長不利。因此，無論從用藥安全的角度，還是從優生優育的角度來看，都是應當給予高度重視的。
妊娠禁忌藥，根據其對妊娠危害程度的不同，臨床上應區別對待。一般分為禁用與慎用兩類。屬禁用的多系毒劇烈、藥性峻猛及墮胎作用較強的藥物；慎用藥則主要是活血祛瘀、行氣、攻下、溫裡等類藥中的部分藥物。
禁用藥：水銀、砒霜、雄黃、輕粉、斑蝥、馬錢子、蟾酥、川烏、草烏、藜蘆、膽礬、瓜蒂、巴豆、甘遂、大戟、芫花、牽牛子、商陸、麝香、干漆、水蛭、虻蟲、三稜、莪術等。
慎用藥：牛膝、川芎、紅花、桃仁、薑黃、牡丹皮、枳實、枳殼、大黃、番瀉葉、蘆薈、芒硝、附子、肉桂等。
在臨床上對於妊娠禁忌藥，尤其是禁用藥類，如無特殊必要，應盡量避免使用，以免醫療事故發生。就是慎用類的藥物，孕婦患病非用不可，也應注意辨證準確，掌握好劑量與療程，並通過恰當的炮製和配伍，盡量減輕藥物對妊娠的危害，做到臨床用藥的安全有效。
三、服藥時的飲食禁忌
服藥飲食禁忌，簡稱服食禁忌。是指服藥期間對某些食物的禁忌，也就是通常所說的「禁口」或「忌口」。一般而言，在病人服藥期間，均應忌食生冷、辛熱、油膩、腥膻、有刺激性的食物。再者，根據患者病情的不同，飲食禁忌也有區別。如熱性病應忌食辛辣、油膩、煎炸類食物；寒性病應忌食肥肉、脂肪、動物內臟及煙、酒；肝陽上亢，頭暈目眩、煩躁易怒等應忌食胡椒、辣椒、大蒜、白酒等辛熱助陽之品；脾胃虛弱者應忌食油炸粘膩、不易消化的食物；瘡瘍、皮膚病患者，應忌食魚、蝦、蟹等腥膻及辛辣刺激性食品。
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