神，是《內經》理論的重要內容，被稱為人體精、氣、神「三寶」之一，並且其理論體現於《內經》有關藏象、病機、病證、診斷、治療、預後等各種學說之中，研究神的理論及其臨床意義，具有極為重要的價值。《內經》中神的含義是很廣的，有廣義和狹義之分，下面分別論述之。
廣義之神：《內經》中廣義之神包含了神為天地之主宰、代表了自然界運動變化及其內在的規律，同時也是人體及動物生命力及生命活動的表現，這部分內容與中國古代哲學相關認識一脈相承。
第一，神為天地萬物之主宰。《說文解字》曰：「神，天神引出萬物者也。」徐灝註：「天地生萬物，物有主之者曰神」，即天地萬物的主宰。《廣雅疏證》曰：「鄭注《禮運》云：神者，引物而出。《風俗通》引《傳》曰：神者，申也，申亦引也，神、申、引聲並相近，故神或讀為引。」又云：「神者，卷一云：神，引也。《爾雅》：引，陳也。神、陳、引古聲亦相近。」可見，神具有申、引、陳之義，意為造就萬物之主，產生萬物之源，也就成為天地萬物之主宰。隨著人們認識水平的提高，逐漸把「神」看成是天地萬物運動變化的內在規律，正如《中國大百科全書·哲學》云：「神，最初指主宰自然界和人類社會變化的天神，後來經過《易傳》和歷代易學家、哲學家的解釋，到張載和王夫之，演變為用來說明物質世界運動變化性質的範疇。」從神含義的演變過程看，無論是天神，還是天地萬物的主宰，或是運動變化的內在規律，都沒有脫離主宰之義。《內經》並不承認神造就了人身，但卻認為人體的主宰是神，如《靈樞·天年》云：「失神者死，得神者生」，舉凡診法、治療、養生等，無一不以神為首位。《內經》更把神與人身之主、人身之本、君主之官等緊密結合起來，如心為君主之官而主神明。又如五臟為人身之本而均藏神，故有「五神髒」之稱，進而建立了以五臟為中心的藏象系統。
第二，神代表自然界運動變化及其規律。有人從「神」字演變出發認為，神，從示申。申，電也。電，變化莫測，故稱之為神，正如《易·系辭上》「陰陽不測謂之神。」神之示旁亦為周時所加。電字周以前無雨旁。人們先見電之天象，然後感悟到它有支配天地萬物的作用，把它作為自己膜拜的對象，而加示為神。可見，神的一個基本含義就是指自然界的一些現象及其產生的原因，即自然界運動變化及其規律。《內經》繼承了神的這一基本含義，如《素問·陰陽應像大論》說：「陰陽者，天地之道也，萬物之綱紀，變化之父母，生殺之本始，神明之府也」。《素問·氣交變大論》云：「天地之動靜，神明為之紀，陰陽之往復，寒暑彰其兆」。其「神明」即指自然現象與自然界變化的原因。
第三，神代表人體及動物之生命力及生命活動的現象。人體及動物之所以有生命，全在於內在神機，即生命力。《素問·五常政大論》：「根於中者，命曰神機，神去則機息。」機，《莊子·至樂》：「萬物皆出於機，皆入於機」，成玄英疏：「機者，發動，所謂造化也。」神機，即說明神乃萬物生命過程的內部主宰，乃造化之機，故《素問·玉機真髒論》說：「天下至數，五色脈變，揆度奇恆，道在於一，神轉不回，回則不轉，乃失其機。」若神機喪失，則無論如何高超的治療技術也無法挽救生命，故《素問·湯液醪醴論》云：「形弊血盡而功不立者何？岐伯曰：神不使也」。張介賓注云：「凡治病之道，攻邪在乎針藥，行藥在乎神氣，故治施於外，則神應於中，使之升則升，使之降則降，是其神之可使也。若以藥劑治其內而髒氣不應，針艾治其外而經氣不應，此其神氣已去，而無可使矣。雖竭力治之，終成虛廢已爾，是即所謂不使也。」神還泛指人體外在的生命活動現象，舉凡人之目、形、色、脈、語言、動作等，均有「得神」與「失神」之別。
狹義的神：《內經》中的狹義之神尤指人的精神心理活動，以現代心理學來看，《內經》中的神既包括了感知覺、記憶、思維與想像等認知過程和意志過程，也包括情感過程，還包括個性心理特徵等內容。不僅繼承了中國古代哲學的認識，而且又有所發揮。其內容主要有以下幾方面。
第一，感知覺、記憶、思維與想像。這些屬人的認知過程，也是人的最基本的心理活動。如《靈樞·本神》云：「所以任物者謂之心，心有所憶謂之意，意之所存謂之志，因志而存變謂之思，因思而遠慕謂之慮，因慮而處物謂之智。」
第二，意志過程。它是自覺地確定目的並根據目的來支配和調節自己的行動，克服困難，從而實現預期目的的心理活動過程。
第三，情感。《內經》中神的含義之一指情感，即七情--喜、怒、憂、思、悲、恐、驚。情感是人對客觀事物態度的體驗，是人的需要和客觀事物之間關係的反映，其中往往是以是否滿足人的需要為中介。
第四，睡眠。睡眠本屬於人的生理過程，不在心理活動範疇之列，故現代心理學並不單獨討論睡眠問題。但中醫學則十分重視睡眠，把失眠、嗜睡、多夢等列入神志疾患範疇，認為睡眠由神所主，神靜魂藏，則安眠。故《內經》認為睡眠也是人的神志活動表現之一。
第五，人格體質。人格，是《內經》中神的含義之一，也是現代心理學研究的重要內容。它主要表現為個人在對人、對己、對事、對物等各方面適應時所形成的態度、趨向和所顯示的獨特個性。體質，屬於生理和病理學範疇，主要指遺傳稟賦、生理素質等多方面的個體差異，不過中醫學的「體質」含義，也有認為當包括心理素質者。
此外，《內經》中神還有一些其他含義：第一，可指代某些臟腑及氣血的功能，如《素問·調經論》云：「神有餘則笑不休，神不足則悲」，其中的「神」指的是心；《靈樞·九針十二原》云「所言節者，神氣之所遊行出入也。」指的是經氣。第二，指鬼神。《內經》雖也數次提及鬼神，如《素問·五臟別論》云：「拘於鬼神者，不可與言至德」，《靈樞·賊風》云：「其所從來者微，視之不見，聽而不聞，故似鬼神」等，但往往均不是用一個「神」字代表，而是「神」前加「鬼」字而成。可見，《內經》認為神與鬼神其概念並非等同，並對鬼神的存在及其作用，持徹底否定的態度。它之所以提及「鬼神」概念，也是為了批評這一當時社會上存在的觀念而已。
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