從學習中醫的角度看，元氣論作為哲學背景，其凸顯在知識層面的內容雖然沒有陰陽、五行學說明顯，但作為中國文化的最深層底蘊，若對之理解未透，不但大大影響對中醫體系內容的深度把握，更易在中醫學發展的路上迷失。
兩論的比較
純粹就「氣」論「氣」，以現代人不太深厚的國學功底，確實難以理解得透徹，幸好關於世界的本原，古代西方也有一個與「元氣論」接近對等的學說，就是公元前4~5世紀間，留基伯和他的學生德謨克利特主張的「原子論」。這裡，「元」與「原」同義，「氣」與「子」則可看作是對萬物基元單位的各自表述，這是在唯物本體論上兩論所見略同處，但更值得品味的是兩論深層之異。由於中醫學以元氣論為根，西醫學以原子論為基，比較元氣論與原子論就是審視鑄就東西兩大文化體系差異的文化基因，因此這種剖析最容易把中西醫學體系的深層內蘊，諸如不同的價值取向、思維風格、學術思想、研究方式乃至具體內容以較清晰的方式呈現出來。（兩論的簡要比較見表右）
為方便分析與敘述，下文將表中關聯性較大者以某項為中心作連帶討論，不逐項分割：
1、宇宙本原之鑒
中國的「道氣論」視「元氣」為宇宙本原。《鶡冠子·泰錄》謂：「天地成於元氣，萬物成於天地。」西方則以「原子」為構成宇宙萬物的基元物質。著名哲學家張岱年先生將兩種本原之細微處表達得妙趣橫生：「西洋哲學中之原子論，謂一切氣皆微小固體而成；中國哲學中元氣論，則謂一切固體是氣之凝結，亦可謂適成一種對照。」表面看來，兩論均肯定了世界本原的物質性，所異僅因不同的文化背景與語言習慣分別歸結為「元氣」和「原子」，雖異曲卻似同功。但若細究，兩說又存深刻差異。
2、存在形式之異
元氣的本原狀態是無形而瀰散狀態之氣，王夫之謂：「氣彌淪無涯而希微不形。」（《正蒙注·太和》）但氣聚則可成形，即有形實體是氣，無形虛處也是氣，有無之間可轉換交流。張載《正蒙·太和》概括得好：「太虛無形，氣之本體，其聚其散，變化之客形爾。」 由於陰陽學說的導入，陰陽特性之一是其無限可分性，因氣可分陰陽，據此邏輯，則氣也是無限可分。換言之，在中國的宇宙構成觀中不一定存在最終物質。事實上，現代科學直到現在也只能說發現一些基本粒子，尚不敢確定說這個世界存在著最終物質。氣的無限可分性大大地增加了氣的變數以及說理上與時俱進的優點。就如不論現代科學最微觀的物質單位發展到哪個層次，都可說未離氣的範疇，還預留了再進一步細化的空間。
原子論認為世界的本原是原子和虛空。原子的存在形式是有形。「原子」，希臘文原義有「不可分割」之義，指的是最後的不可分的物質微粒或單位。據此，世界萬物都是由微細而不可分，具形質、重量的原子所構成。由於每個原子都是毫無空隙的，因此，它的基本屬性是「充實性」。與之相對的虛空的性質是空曠，是絕對的無，僅給原子活動提供空間。原子與虛空之間不存在轉換與交流。
3、作用形式之較
由於元氣可以分陰陽，因此，其作用形式或內部動力就是處在相互交感中的陰陽對立制約、互根互用、消長轉化、自和協調的內部矛盾。
運動是原子固有的屬性，虛空為原子的運動提供了場所。形狀、體積和序列不同的原子互相結合，就產生了各種不同的複合物。原子分離，物體便煙滅。但原子為什麼自己能運動，德謨克利特卻沒能作出解釋，因此，原子雖在觀念上具自動之意，形式上卻又不得不傾向於在外部尋找動力之源。
4、自然觀之差
由於氣本無形，氣細無內，大無外，亦無間隙，故無所不通。《管子·心術上》說：「無形則無所抵牾，無所抵牾，故遍流萬物而不變。」有形無形之間可轉換交流，故乍看互不相干的萬物可通過「氣」的中介而成為互有聯繫的整體。這樣，就構成了一幅形在氣中、氣在形中、形氣交融的宇宙氣化全圖景，由此導出的就是萬事萬物一氣相牽的有機聯繫自然觀。
原子有形，既然萬物均是由分散存在的「原子」組合而成的，原子與虛空之間又不存在轉換與交流，因此萬物均可分解，可以把整體分解為部分，再據需要把部分一層層分解為更小的部分，直到原子本身。由此導出萬物可以或應該分割來看的機械自然觀。
5、整體觀之別
由於中醫學強調整體觀念。因此，不少人以為整體觀是中醫特有並區別於其他醫學的主要特徵。
「元氣論」的整體是一個「元整體」，即認為以元氣為基的宇宙是一個混元整體，萬物均由元氣分化而來，即混元整體分化出其內部不可分割、相互聯繫的各個部分。就如宇宙逐級分化出星系→星球→地球→萬物→生物→人→系統→臟腑組織→精血津液→氣。其形式可為氣化氣、氣化形、形化氣、形化形，一切事物都處在氣化流衍之中。在這裡，整體是原生的，部分則派生於整體，故而整體決定著其內部的各部分，形成一個真正融會貫通的宇宙整體。
更基於氣的運動性，元整體是一直處在不斷的變動過程中。在這個整體中，任何一個局部有形、無形的微細變化，都可因一氣相牽而會引起整體的相關反應，這個整體的本質或基礎就是氣的變化流衍，因此，元整體具有不可分割性。整體若作分解，失去聯繫的各部分均不具完整性。只有在天然的，不可分割的狀態下才可準確把握事物的完整本質，避免以偏概全的一孔之見。
「原子論」的整體是一個「合整體」。原子是構成宇宙的最終物質，萬物均由原子組成，原子→物質→小局部→大局部→整體就是其組合過程。因此，整體是由從小到大的各個部分綜合而成。部分是原生的，整體派生於部分，雖然部分可受整體背景影響，但作為邊界清晰的部分亦可離開整體而單獨存在。在方法學上就是部分可以分割研究。既然部分綜合成了整體，因此部分決定整體就言之成理了。
中醫研究方式之思
元氣論與原子論之辨實可引發對現代中醫科研方法的反思。
1、研究對象與研究方式之適
由於氣本無形，又無限可分，是以研究氣之「形態」在邏輯上來說應是徒勞無功的，故「元氣論」容易導向對形態研究和解剖分析的淡漠。又因氣以不斷運動，有形與無形又可交流潛通而具可入性，形與形、形與氣、氣與氣間沒有任何隔閡，整體以難以分割的不間斷狀態存在，萬事萬物由不同的氣聚散而成，更可因氣而建立聯繫，一切事物都處在氣的流衍及氣化氤氳之中，形成一個真正融會貫通的宇宙元整體。因此，其注重的重心是關係實在而非物質實體，觀察視野偏於宏觀，研究方法更關注聯繫性及協調性，任何一個局部都是整體中的局部，牽一髮而動全身，故往往將部分聯繫成整體或置於整體中觀察。中醫理論體系由是有了整體、動態、聯繫、協調等特徵。而任何破壞或妨礙這些特徵的研究方法均難窺其全貌應屬常識。
由於萬物均由有形的「原子」組合而成，「原子」是最終物質，部分決定整體。且原子與虛空不存交流，萬物均可分解，理論上只要技術跟得上，若將研究對像一層一層地降解，應可還原到「原子」水平，最終物質的找到就意味著事物或現象的終極原因將會呈現。將此基本信念貫徹到科研中，就是把整體分拆為部分來觀察，以部分來解釋或組合整體，其注重的重心是物質實體而非關係實在，研究方法更關注於縱向深入，微觀分析。在這種不斷降解、深化的探微尋源過程中各自然學科得以延伸進步。這種方法在面對「形態科學」這種合適對象的研究上自有其優勢，如對整體中的部分有著比「元氣論」方法更深入、細緻、微觀的認識，形成較精確、嚴謹的原理，建立形式邏輯更嚴密的概念體系。不難看出，還原論思維或還原分析方法的哲學基礎就是原子論。在此觀念下，西醫學採用解剖方法，將人逐層分解以還原、分析，自是研究的必然途徑。
2、「研究中醫」與「中醫研究」
本來「兩論」下的對象各有其自身適合的研究方式，但現今流行的大多所謂新法，多半是建立在「原子論」奠基的「形態科學」上的還原分析方法。以之研究中醫，不能說全無借鑒處，但面對以「元氣論」為基的中醫學術，其隔閡本應可想而知。但不少研究者對此所取的態度往往是視而不見。或天真地以為，只要儀器夠尖端，指標夠先進，一切問題都將迎刃而解。但是，作為支配研究方式、研究儀器、研究指標的方法論真的可以擱置不論嗎？
國醫大師陸廣莘在訪談中提出過「中醫研究」和「研究中醫」是兩種不同的概念。目前時行的中醫相關研究，由於心態上唯恐「不科學」，因此，無論在方法學、還是應用儀器或檢測指標上多是拚命地追新，以為越新就越科學。若以陸老的分類觀點為判，此大抵為「研究中醫」，而非「中醫研究」。
這種與「元氣論」恰成背道而馳的研究方法之局限性也顯而易見。把複雜的事物通過還原、降解使之簡單化是此法的基本方式，但面對不應分解、不可還原的對象和內容，譬如「元整體」背景下的中醫學時，勉強分解實是對整體聯繫的破壞。複雜現象的複雜性機制是無法簡而化之的。須知，「整體大於部分之和」無論在哲學上，還是在自然科學上都是一個常理。整體不是由其中多個部分簡單堆砌而成，而是各部分有效組合的一個整體，所以有機協調的系統整體大於部分的總和，無論這個整體是合整體還是元整體。即便是研究合整體背景下的西醫學，還原分析方法其實也時顯力不從心，局部分解得越精細，越微觀，其在整體中的關係就越複雜，而處理複雜關係並非此法之所長。
中醫學天人間、人體內層層錯綜複雜的關係網特性比「形態科學」之西醫複雜。中國科學院朱清時院士對這個問題看得透徹：「以中醫為代表的傳統科學總是把複雜事物看作整體來研究，他們認為，若把事件簡化成最基本的單元，就要把許多重要信息都去除掉，如單元之間的連接與組合方式等等，這樣做就把複雜事物變樣了。」因此，以還原分析方法來肢解「元整體」的對象，企求在還原出對象的真像同時而又不使信息丟失的想法不知
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