1930年代中期以前，是民國中醫學校辦學的高潮，但戰事一起，學校無不受到衝擊。但各地中醫藥界人士仍想方設法利用條件，堅持辦學。
上海各校孤島辦學
1937年日軍進攻上海，淞滬抗戰爆發。英勇的中國軍隊抗擊日軍數月，後來不幸陷落。不過由於上海租界在外國管治之下，暫時未受波及，成為避難之所，當時都有「孤島」之稱。當時，不少中醫學校遷入孤島，堅持辦學，繼續培養醫學人才。
戰亂初起，辦學最久的上海中醫學院即通知學生改到租界的珊家園開學，不久又搬到國醫大廈，同時附設的華隆醫院也位於法租界內。在戰亂中該校仍保持了200多人的規模。當時的辦學條件艱難，全賴院長丁濟萬獨力支撐，何時希回憶：「尤可佩者為院長丁濟萬師，當日寇縱橫之際，雖各地人口散滬，又值災亂，疾病蜂起，丁師醫務鼎盛，然中醫學院先由老西門遷至天津路，又遷成都路，物價騰漲，教師俱是同學及弟子行，都不便為生活而啟齒，然不能不為及時調整薪水……而求無不應，此誠作育人才之苦志，及體貼人情之慷慨，試思1938--1945年八年間，獨立支撐，艱辛竭蹶，諸同事亦共濟同舟，休戚與共，此種辦學精神，值得大書一筆，以存歷史。」
另一所中醫學校上海中國醫學院，在原閘北的校舍失陷後，不久也在租界也擇地恢復辦學。並且規模也逐漸壯大。但學校也存在經費問題，合資主辦者馬問我、朱文明等人因經費不足，將學生們交納的學費和食宿費分掉，院長秦伯未憤而辭職，學生頻頻集會抗議。1940年5月，由該校畢業生組成的中國醫學院畢業同學會以吳克潛為首組成「中國醫學院護校委員會」，代理學院的各項行政工作，後朱鶴皋受邀出任院長，積極籌集經費，整頓院務。雖然條件簡陋，有時甚至要在天井搭帳篷上課，但終究能維持辦學不輟。
另一間上海新中國醫學院在朱小南主持下也在租界堅持了下來，朱小南在為畢業生致辭時說：「吾人生不逢辰，罹茲多難。興邦之責，所在攸歸。……諸生研習醫學，與其侷促於孤島，曷若效力於後方。蓋值此大戰孔殷之時，各地災黎遍野，疾病尤多，醫藥救護，確實需人。誠能決心奔赴，定供不應求。」（《新中國醫學院第三屈畢業紀念刊序》）鼓勵學生到後方效力。
除了老校，孤島時期還有時逸人先生新辦的復興中醫專科學校，張贊臣創辦的上海國醫專修學校等。
廣東與香港堅持聯合辦學
1938年10月廣州淪陷，廣州眾多中醫學校流散到香港，有部分繼續辦學，其中以廣東中醫藥專門學校規模較大。因為該校本來就是香港與廣州兩地藥商聯合創辦的，兩地校董各佔一半。儘管該校在廣州的學校和醫院所有設施均損失殆盡，但到港的教員和學生不少，港方校董認為學校就此中輟的話太過可惜，於是慨然負擔經費，著手在港復校。當時租得跑馬地禮頓道37號為校址，是年1939年3月開始復課。學校不但招回流散學生，允許已屆畢業同學補考，還招收新生。學校並增設全免費、半免費學額數十名，學校指出：「當地國難時期，莘莘學子，多從內地而來，而港幣與國幣之比率，相去甚遠，以目前徵費折合國幣，殊令人咋舌，是以一般青年雖有向學之心，而無繳費之力，望門興歎者比比者。我校此舉，是不啻予貧苦學子以深造之良機也。」這全賴港方藥商經費支持。學校採取靈活辦學機制，招收各類插班生，學制仍為五年。此外又特招旁聽生，凡有醫學常識者，不限年齡，不拘性別，均可投考，修業以一年為限。該校復課後，「新舊同學，負笈而來者，至為踴躍。人數雖稍遜於從前，而教授與同學間之感情，研究者與指導者之懇摯，實所罕覯。蓋當此抗建時期，學者固欲學成致用，而教者亦欲為國育材也。」
醫學校須有實習場所，加上「難胞之來港，以地土關係，常易染病，求醫購藥，所費不貲，中下之家，張羅匪易」，於是港方藥商出資設立贈醫處，設內、外、傷科，由學校教師擔任診症，同學輪值到所實習，每日求診者達百數十人，「如是則學生之獲益固多，而造福難胞亦不淺也」。
然而好景不長，1941年12月，日軍攻陷香港，學校再度停辦。但校董們矢志辦學之心不渝，1944年計劃到戰時廣東省會韶關復課。可惜6月日軍發動「豫湘桂戰役」，連克河南、湖南，韶關告急，政府部門及民眾緊急疏散。復課之舉告停，抗戰勝利後才回廣州復校。
四川國醫學院後方育英才
四川國醫學院的前身是1925年益中醫學講習所（後改名四川中醫學院、四川醫學院），1936年起由中央國醫館四川省分館主辦，改名中央國醫館四川省分館國醫學院。學校原址在成都何公巷，後遷興禪寺街。抗日戰爭全面爆發後，作為大後方的四川雖未淪陷，但也不時遭遇日機轟炸，於是學院遷至成都郊外的元覺庵。
在戰時艱難的條件下，學校搭草房辦學，學生宿舍、教室、辦公室均設林中。師生不畏艱苦，刻苦學習，學校也名師薈萃，有李斯熾講《金匱》，承淡安授針灸等，值得一提的是，著名中醫彭子益在該院開設中醫系統學課程，這是其他學校所無的。彭子益清末在太醫院當醫師，清亡後，受閻錫山聘請他到太原講學，開始形成他的「中醫系統學」思想，後來到南京中央國醫館任職並開辦研究班，南京淪陷後回雲南開辦兩期中醫系統學特別研究班，進一步完善理論，據載他「口講指授，罄其蘊而後已，猶不自滿。假敵機襲省垣，身外物不顧，獨於講稿珍之若性命。暇輒力加修改，期於至當，為滇醫界樹百年大計」。最終到四川教學期間，彭子益完成該書的系統著述。1940年他在四川國醫學院定稿時說：「系統的古中醫學一書……於民國八年，受太原中醫改進研究會聘充理事並系統學教授後編成以上各篇。民國二十五年(1936年)，經陳立夫先生函薦，中央國醫館焦易堂館長聘充本館編審委員會系統學專任委員。兼附設特別研究班系統學教授，本班新舊同學，一致贊成。繼於昆明、成都教授時，又有增修……以競全功焉。」
四川國醫學院還設有簡易診療所，並定時在臨近場鎮茶館裡擺攤應診，免費為群眾治病。在抗戰期間，該校共畢業五屆學生122人，1945年該校暫告停辦。後來1946年再復辦到1949年為止。
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