《神農本草經》規定了藥物的劑型
《神農本草經·序錄》認為：「藥性有宜丸者，宜散者，宜水煮者，宜酒漬者，宜膏煎者，亦有一物兼主者，亦有不可入湯、酒者，並隨藥性，不得違越。」此處一方面體現了在2000年前中藥劑型已有的成就，另一方面也體現了藥物劑型工藝以及對哪些藥宜用哪種劑型的研究經驗，如消石「煉之如膏」，術「作煎餌」，茺蔚子「可作浴湯」(外用洗劑)，葡萄「可作酒」，白芷「可作面脂」，牛角、(牛)「膽可丸藥」，蝟皮「酒煮殺之」，露蜂房「火熬之良」，當歸治「金創煮飲之」，雷丸「作膏摩，除小兒百病」，蛇蛻「火熬之良」，貝子「燒用之良」等等。此處既講了藥物炮製加工方法，同時也說明了不同藥物在具體應用時要適宜於不同的劑型，才能更有效地發揮其治療效果。
《神農本草經》對藥物治病取效的客觀評價
《神農本草經·序錄》認為凡「欲治病，先察其源，先候病機，五臟未虛，六府未竭，血脈未亂，精神未散，服藥必治。若病已成，可得半愈。病勢已過，命將難全。」此處首先告誡人們，有病必須早治；其次強調了疾病的痊癒與否，不能完全依賴藥物的作用，主要是機體的防禦機能和在藥物干預下機體驅邪愈病的內在能力。
《神農本草經》強調辨證施藥
《神農本草經·序錄》提出「療寒以熱藥，療熱以寒藥，飲食不消，以吐下藥，鬼疰蠱毒以毒藥，癰腫瘡瘍以瘡藥，風濕以風濕藥，各隨其所宜。」此語不但突出了辨證施治用藥的主旨，還提示在辨證施治用藥的前提下，務必要辨別疾病的性質(寒、熱)用藥，辨別病因而審因論治(如「飲食不消」、「風濕」)，辨別病情輕重並根據病情輕重而施以用藥(如「鬼疰蠱毒」均為重危病證)，還要辨別軀體病(如「癰腫瘡瘍」、「風濕症」)與內臟病(如「鬼疰蠱毒」)的差異而用藥。前者用「瘡藥」、「風濕藥」，後者用「毒藥」。若通覽365味藥物之主治和功效，還可以發現，書中根據內科疾病、婦科疾病、外科疾病、五官科疾病、皮膚病等等不同病種而施以不同藥物予以治療，這些內容都體現其重視辨證施治的用藥思想。
《神農本草經》重視服藥時間與療效的關係
《神農本草經·序錄》認為：「病在胸膈以上者，先食後服藥；病在腹以下者，先服藥而後食；病在四肢血脈者，宜空腹而在旦；病在骨髓者，宜飽滿而在夜。」這說明本書作者在認真總結前人用藥經驗的基礎上，認識到服藥時間與藥物療效之間的密切關係。
《神農本草經》踐行「藥有陰陽」理論的價值
《內經》是「藥有陰陽」理論的創立者，《神農本草經》對這一理論予以踐行。所謂「藥有陰陽」，其含義甚廣。若僅從植物藥與礦物藥分陰陽，礦物藥質地沉重而主降，屬性為陰，植物藥質地輕清而屬陽。若就植物藥而言，凡藥用其花、其葉、其枝者多屬陽，若用其根、其干者多為陰。如若對藥物深層的內涵分陰陽，則「陽為氣，陰為味……陰味出下竅，陽氣出上竅。味厚者為陰，薄為陰之陽。氣厚者為陽，薄為陽之陰。味厚則洩，薄則通。氣薄則發洩，厚則發熱。」又說，「氣味辛苦發散為陽，酸苦湧洩為陰」(《素問·陰陽應像大論》)。四氣，又稱「四性」，藥物之寒、熱、溫、涼是也，四氣之中又有陰陽屬性之分，具有溫、熱之性者為陽，具有寒、涼之性者屬陰等等，皆屬於經文所言「藥有陰陽」之意及其意義。
《神農本草經》「藥有酸、鹹、甘、苦、辛五味」的意義
《神農本草經·序例》所謂「藥有酸、鹹、甘、苦、辛五味」，其本義是指人們可以品嚐到的藥物真實滋味。藥物真實滋味不止五種，由於受事物五行屬性歸類理論的影響，於是自古至今，將藥物之滋味統統納之於五味之中，並將澀味附之於酸，淡味附之於甘，以合藥物五味的五行屬性歸類。
《神農本草經》藥物「有寒熱溫涼四氣」的價值述評
《神農本草經》所言藥物有「寒熱溫涼四氣」。四氣，即四性，是藥物或食物的寒熱溫涼四種性質，與人們味覺可感知的「有形」五味對言，四氣屬陽，五味屬陰，此即「陽為氣，陰為味」(《素問·陰陽應像大論》)之意。而事物之陰陽屬性是可分的，「陽中有陰，陰中有陽」，故屬陽的藥物寒熱溫涼之性還可再分陰陽。溫性、熱性為陽，涼性、寒性屬陰。熱甚於溫，寒甚於涼，其中只是程度的差異。就溫熱而言，常又有微溫、溫、熱、大熱的不同量級；寒涼又有涼、微寒、寒、大寒的不同量級，如果在性質上沒有寒熱溫涼明顯的性質差異，於是就用「平」標定其性質。
《神農本草經》認為藥「有毒無毒，斟酌其宜」
「有毒無毒，斟酌其宜」(《神農本草經·序錄》)是指臨證用藥時，務必要先知道哪些藥物有毒，哪些藥物無毒。有毒之藥，其毒性之大小及程度何如等等，然後再根據臨證實際情況，斟酌用藥。
《神農本草經》認為藥有「七情和合」
《神農本草經·序錄》認為：藥「有單行者，有相須者，有相使者，有相畏者，有相惡者，有相反者，有相殺者。凡此七情，合和視之。」這就是藥物配伍理論中「七情和合」的源頭。「七情和合」是指藥物配伍中的特殊關係。
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