日人訪書有傳統
近代以來，日本一直注意收集購買中國的古籍文獻。例如日本靜嘉堂巖崎彌之助從1892年前後開始搜集中國和日本的古籍，其子巖崎小彌太擴充藏書，中國藏書家陸心源去世後，其皕宋樓所藏宋元版刻本和名人手抄本4146部 43218冊就被巖崎購得，運往日本，成為靜嘉堂文庫的基本藏書，其中有不少珍刊醫書。後來商務印書館的張元濟也得向靜嘉堂求助說：「敝館藏有元刊《濟生拔萃》，與靜嘉堂藏本相同，敝處所藏缺去《鍼經節要》《潔古雲岐鍼法》《潔古家珍》《保嬰集》四種，敝國各公私藏家無可借補，擬同時向靜嘉堂影印。」
日人長澤規矩也1923～1932年期間，先後7次到中國訪書，買到不少珍貴古醫書，他記載：「前一年，我受武田長兵衛君的委託，在北京琉璃廠的舊書店給他買了一部宋版醫書，這件事民國方面不知道，可是我回川後，似乎北京圖書館知道了。所以次年我到杭州、南京、蘇州等地訪書時，北京圖書館的趙萬里君總是走在我的前頭等著我，這也是由於我的疏忽，把我的行程告訴了北京的緣故，因此我到任何一家舊書店也看不見宋元善本，結果毫無所獲。不料有一天在蘇州護龍街的一家舊書店架上，標有金陵小字本的《本草綱目》赫然入目，這使我大吃一驚，仔細觀察，確是中尾博士所說的金陵小字本，而且標價只十元，於是立即照價買了。」長澤買去的還有宋刊本《備急總效方》等。中國學者雖然注意防範，仍然不能避免書籍流失。
滿鐵搜購中醫書
日本也一直在東北搜集書籍，滿鐵（南滿洲鐵道株式會社）在1906年成立了一個調查部，搜集資料和情報，1918年以該調查部圖書系為基礎成立滿鐵大連圖書館，還有鐵路沿線成立多個圖書館，出台《各館搜書分擔協定》，繼續大量收集中國資料。1929年，在北京的意大利人勞斯有意其在中國三十多年來收藏的文獻，「當時現任滿鐵副總裁為松岡洋右，他考慮到中國政情不穩，擔心一些貴重的漢籍流失難以搜集。所以，此時讓大連圖書館搜集保管漢籍是適宜之際，並酌情考慮撥出購書經費十萬元」，購書一行不但購入勞斯所藏的珍貴地圖文獻，而且在北京各書店大量購書，「在北京購入的漢籍約有三萬冊及海源閣所藏的宋刊本，珍稀、罕見的書也不少」。抗戰後期滿鐵仍投入大筆經費購書，滿鐵調查部1944年稱：「有關貴重漢籍在去年度預算25萬元，購入華北滿洲藏書家出售的文獻，約14500冊成為大連圖書館的藏書。也因華人近來生活困難，把秘藏的書籍通過書市希望出賣。此時能得到各種文獻，現下不失為最好的機會。」
滿鐵1929年所購的書中包括有古代醫書1500多種，7000多冊，全部寄存在滿洲醫科大學，該校於1931年成立了中國醫學研究室，1933年改稱東亞醫學研究室，1935年升格為所，編訂有「中國醫學書目(1931)」和「續中國醫學書目(1941)」，1941年統計有醫書2474種，1945年則達3000種。其中包括珍貴的元印《聖濟總錄》殘卷、明·趙開美版《仲景全書》等。
由於日本戰敗投降，滿鐵各圖書館藏書大部分留在中國，1955年中醫研究院成立後，從瀋陽醫學院（原滿洲醫科大學）調撥了大批中醫書籍，成為該院圖書館的基礎。
涵芬樓善本被焚
1932年「一二·八」事變，日本侵略軍侵佔上海，焚燬了遠東著名的「東方圖書館」。東方圖書館是在「戊戌變法」以後，張元濟先生所創。張氏到商務印書館後，即著手於藏書事業，於1905年前後，特辟「涵芬樓」以收藏珍貴書籍。商務印書館後來影印《四部叢刊》《續古逸叢書》等，大半取資於此。《四部叢刊》初、二、三編中有醫家類九種，其中包括《重廣補注黃帝內經素問》、《黃帝素問靈樞經》等唐、宋至明代的古醫書。1923年商務印書館成立「東方圖書館」，「涵芬樓」改為專門珍藏宋元明舊刊、抄校本，名人手稿及其未刊者之善本。
「一·二八」事變爆發後的次日上午，日軍飛機轟炸商務印書館，位於寶山路的總管理處、編譯所、印刷廠和倉庫等皆中彈起火，東方圖書館也被殃及。2月1日，日本浪人潛入東方圖書館再次縱火，最終使館中全部藏書化為灰燼。濃煙遮蔽上海半空，紙灰飄飛十里之外，火熄滅後，紙灰沒膝。該館全部藏書46萬冊，包括善本古籍3700多種等毀於一旦，其中子部（內含醫書）善本被毀876種，共8438冊。
所幸的是，早在1924年，由於時局不穩，張元濟曾選擇宋元精本574種移藏金城銀行保險庫，此次得到倖免。張元濟後來整理了《涵芬樓燼餘書錄》。在醫書方面，與《涵芬樓原存善本草目》對比，前者僅有14種，後者則有39種，可見損失甚大。像原藏中的《素問》與《靈樞》明趙府居敬堂刊本、《政和本草》金刊本等珍本，均未見於《燼餘書錄》。
醫書散毀空歎息
七七事變後，南京淪陷時，不少醫書遭搶掠或燒燬。家住大石壩街50號的老中醫石雲軒家，醫書收藏豐富，僅珍貴的宋版醫書就有十幾部。此次家中被日軍搶掠後又放火焚燒，損失慘重，據回憶：「我父親的好友石凌漢（字雲軒），是南京有名的中醫、詞人，原住在大石壩街，家中藏書極多。他住的房子最後一進是三大間『河廳』，全是書房，其中一間放有寫字檯起座讀書，四周全是書箱、書櫥。他的藏書中有多種醫書孤本和孤本詞集。南京淪陷後，日本人派專人把石家洗劫一空，臨走時還放火把房子燒掉了。石家的損失比我家更大，尤其是他的那些醫學書籍非常珍貴，求之不易。」（仇良矩《日軍在南京民間的掠奪罪行》）戰後其子石筱軒申報的損失包括「名貴書籍4大箱」。其他還有中醫葛蔚堂的診療所損失古書和醫書155部，盧浦生損失醫書8箱、《保赤要言》1部，郭寶璨損失醫學叢書60部等。
而南京市公立圖書館及各大學圖書館的藏書也被日軍劫掠，戰後追討時有的已下落不明。
此外，杭州藏書家錢正卿收藏善本醫書及歷代名醫手抄本醫書甚多，裘吉生編選《珍本醫書集成》時，曾向他求書，如《類經纂要》註明「浙中錢正卿名醫藏本，罕見流傳，遂向借錄，輯入集中」，《幼科類萃》稱「書為錢正卿名醫所藏。因世少傳本，爰為假錄刊行」。但杭州淪陷時，錢正卿的開元路寓所為侵華日軍占為兵營，藏書被偷竊一空。
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