抗生素屬於應用比較廣泛的藥物之一，它與中藥合用時有很多講究，使用不當的話，會出現配伍禁忌，導致藥源性疾病，引起不良後果。
鞣質
含有鞣質的中藥不宜與很多種抗生素同服，如羥氨苄青黴素、紅黴素、氯黴素、林可黴素。因為鞣質是一種複雜的多元酚化合物，分子中的某些成分與酶類及菌類結合後，會改變酶類和菌類的性質。所以，含有鞣質的中藥與紅黴素、氯黴素等抗生素同服，會生成鹽酸沉澱物，使藥物難以吸收，影響療效。
含有鞣質的中藥：地榆、石榴皮、山楂、烏梅、兒茶、金纓子、五倍子、大黃、訶子、虎杖、仙鶴草等。
鈣質
含鈣的中藥不宜與氨基糖甘類抗生素同服，如慶大黴素、妥布黴素、奈替米星等。氨基糖甘類抗生素與鈣離子結合後，會增加氨基糖甘類藥的神經毒性。此外，中藥川烏、草烏、附子，中成藥小活絡丹、三七片、元胡止痛片等與鏈黴素、慶大黴素、卡那黴素等藥物合用時，也可能增強對聽神經的毒性，導致耳鳴、耳聾。
含鈣的中藥：龍骨、牡蠣、海螵蛸、鹿角、枸杞。
金屬離子
含金屬離子的中藥及其制劑不宜與諾氟沙星合用。牛黃解毒片由牛黃、大黃、黃柏等配伍而成，內含金屬離子，與諾氟沙星同服，會形成鈣絡合物，使藥物的溶解度下降，腸道難以吸收，降低療效。所以，兩者不宜同服，必要時可間隔2~3小時後分服。
含金屬離子的中藥：牛黃解毒片。
有機酸
含有機酸的中藥及其制劑不宜與磺胺類藥物和大環內酯類抗生素（如紅黴素）合用。含有機酸的中藥如與磺胺類藥物配伍，會使尿液酸化，降低磺胺類藥的藥效。也不能與紅黴素配伍，紅黴素在酸性環境中不穩定，當pH<4時，紅黴素完全分解失效。
含有機酸的中藥：烏梅、五味子、蒲公英、山楂、山茱萸、女貞子、保和丸等。
穿心蓮
含有穿心蓮的中藥不宜與螺旋黴素合用。穿心蓮近幾年在抗感染疾病中應用較多，它能通過促進白細胞吞噬功能而起到抗感染的作用。但穿心蓮不能與螺旋黴素同用，因為合用會抑制穿心蓮促白細胞吞噬的功能，抑製藥物療效。
代表藥：穿心蓮
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