對奇恆之腑的現代研究，大多為理論探討，主要集中於對奇恆之腑的總體認識以及有關腦主神明的爭論方面。
1．對奇恆之腑的總體認識
有學者認為，奇恆之腑僅是臟腑學說形成早期關於何者為髒，何者為腑的眾多說法的「一家之言」，不論是從臟腑本義，還是從臟腑系統的最終確立來看，均不得將其作為臟腑系統的組成部分。故有人提出藏象學說中無需在五臟、六腑之外再列奇恆之腑一類。另有人提出男性的奇恆之腑為精室，應將精室歸屬於奇恆之腑。
2．關於腦主神明的爭論
對腦主神明的爭論，主要涉及到其理論的發生以及腦主神明與心主神明的關係等。有人對中醫腦理論演進軌跡的研究認為，早在商周時期，古人就認識到腦位於顱內，由髓匯聚而成，具有與神明相關的功能活動。在戰國到秦漢時期，中國傳統文化始終認為腦與神明有關，但中醫學在建構其理論體系時，卻未能納入這一認識。這種認識影響了後世晉唐宋元明時期醫學思想，中醫理論儘管對腦的認識多有闡發，但並未有實質性突破，一些觀點多受同期道家學術的影響。這一時期醫家對腦的認識非常深入，認識到了腦分溝回，主神明等。到明清時期，隨著西學腦說的傳入，引發了圍繞腦理論的中西匯通，概其成就，其理論上的匯通成績較大，臨床匯通較為欠缺，其結果是匯而未通。對腦生理功能的發生學研究，認為其發生學原理涉及腦的解剖、生理觀察、病理觀察、道家文化的影響和西學腦說的影響五個方面。但也有人認為中醫學「腦主神明」觀在道家、道教「泥丸主元神」觀念形成之前就已經有其雛形，而它被發揚光大則是近到受西醫解剖學影響的結果；另外，中醫學與道家、道教在腦與神問題的認識、存在部位、認識途徑、立論依據、神的概念等方面的差異，因而認為中醫學「腦主神明」觀的建立主要源於西醫學的傳入，而與道家、道教之論關係不大。
傳統中醫理論認為心主神明，在現代西醫學思想的影響下，結合中醫原有理論而又提出了腦主神明說，也有人調和兩種學說，而提出心腦共主神明說，認為在生理活動中，心與腦都各自發揮著重要作用，心受腦的支配而活動，而心的正常活動又為腦提供了充足的血液供應。心主血脈，腦藏精髓，血與髓互生互化，共養心腦，兩者都是維持生命活動的重要器官。現代科學研究表明心磁比腦磁強百倍，所以心對腦有強大的影響力。同時心腦之間構成了一種最佳耦合狀態，使腦的功能不能離心而獨立進行。有學者考證，「思」字就是「囟」，即腦與心的結合，這是心腦一起共主神明的最好註腳。有人則認為腦主先天元神，為腎命之使；心主後天之神，為後天生命活動之統帥與調控中心。但有人則認為神有兩個層次的不同作用，第一層次是「心藏神」之神，它是全身的最高主宰，又可叫「元神」；第二層次是第一層次「神」的表現形式「明」之一的「精神」，它是次高級的主宰，可稱為「識神」。或認為心主神明，神明是生命得以發生、發展和變化的規律，是生命之神，而腦主神經。另外，有人研究了腦的生理特點，認為腦喜清而惡濁，喜盈而惡虧，喜靜而惡躁，喜通而惡瘀，為中清之髒，不能容邪；寧靜之器，內持為貴。
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